パッケージ: kraken (1.1.1-4 など)

[ ソース: kraken  ]

assigning taxonomic labels to short DNA sequences

Kraken is a system for assigning taxonomic labels to short DNA sequences, usually obtained through metagenomic studies. Previous attempts by other bioinformatics software to accomplish this task have often used sequence alignment or machine learning techniques that were quite slow, leading to the development of less sensitive but much faster abundance estimation programs. Kraken aims to achieve high sensitivity and high speed by utilizing exact alignments of k-mers and a novel classification algorithm.

In its fastest mode of operation, for a simulated metagenome of 100 bp reads, Kraken processed over 4 million reads per minute on a single core, over 900 times faster than Megablast and over 11 times faster than the abundance estimation program MetaPhlAn. Kraken's accuracy is comparable with Megablast, with slightly lower sensitivity and very high precision.

その他の kraken 関連パッケージ

• dep: jellyfish1

  count k-mers in DNA sequences

• dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [m68k]

  dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, arm64, ia64, loong64, m68k, sh4 以外]

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [hppa, ia64, m68k, sh4 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

  パッケージは利用できません

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  パッケージは利用できません

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [m68k, sh4]

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

  dep: libgomp1 (>= 6) [m68k, sh4 以外]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [loong64, riscv64]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [arm64, loong64, riscv64 以外]

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

kraken のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	1.1.1-4	736.2 kB	1,773.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	1.1.1-4	734.8 kB	1,531.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.1.1-4+b1	729.5 kB	1,708.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	1.1.1-4	739.1 kB	1,530.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	1.1.1-4	749.9 kB	1,700.0 kB	[ファイル一覧]
loong64 (非公式の移植版)	1.1.1-4	730.2 kB	1,533.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	0.10.5~beta-4	721.8 kB	1,440.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.1.1-4	736.3 kB	1,789.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	1.1.1-4	736.9 kB	1,771.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.1.1-4	735.8 kB	1,771.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.1.1-4+b1	734.2 kB	1,460.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	0.10.5~beta-4	729.3 kB	1,416.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	1.1.1-4	728.4 kB	7,416.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	1.1.1-4	734.8 kB	1,497.0 kB	[ファイル一覧]