Package: clonalframe (1.2-11 and others)

[ Source: clonalframe  ]

inferenza della microevoluzione batterica usando dati di sequenze multi-loci

ClonalFrame identifica le relazioni clonali tra i membri di un campione, stimando al contempo la posizione nei cromosomi di eventi di ricombinazione omologa che hanno perturbato l'eredità clonale.

ClonalFrame può essere applicato a qualsiasi tipo di dati di sequenza, da un singolo frammento di DNA a genomi interi. È ben adatto per l'analisi di dati MLST, in cui sono stati sequenziati 7 frammenti genetici, ma diventa progressivamente più potente mano a mano che le regioni sequenziate aumentano di lunghezza fino a diventare interi genomi. Tuttavia, richiede che le sequenze siano allineate. Se si hanno dati genomici non allineati, è raccomandato l'uso di Mauve che produce allineamenti di interi genomi batterici nell'esatto formato richiesto per le analisi con ClonalFrame.

Tags: Implemented in: C++, Role: Program

Other Packages Related to clonalframe

• dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, hppa, ia64, m68k]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- pacchetto della libreria

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [not ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- pacchetto della libreria

• dep: libgslcblas0 (>= 2.8) [sparc64]

  libreria scientifica GNU (GSL) -- pacchetto di libreria blas

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ia64]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• sug: clonalframeml

  efficiente inferenza di ricombinazione in genomi interi di batteri

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.2-11+b2	51.1 kB	152.0 kB	[list of files]
amd64	1.2-11+b3	51.5 kB	143.0 kB	[list of files]
arm64	1.2-11+b3	46.9 kB	151.0 kB	[list of files]
armel	1.2-11+b3	43.9 kB	118.0 kB	[list of files]
armhf	1.2-11+b3	42.1 kB	90.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.2-11+b2	54.6 kB	149.0 kB	[list of files]
i386	1.2-11+b3	54.3 kB	134.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.2-11+b1	68.7 kB	264.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.2-11+b2	47.7 kB	126.0 kB	[list of files]
mips64el	1.2-11+b3	54.9 kB	223.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.2-11+b2	56.5 kB	215.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.2-11+b3	56.6 kB	215.0 kB	[list of files]
riscv64	1.2-11+b2	51.1 kB	111.0 kB	[list of files]
s390x	1.2-11+b3	53.9 kB	147.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.2-11+b2	56.5 kB	151.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.2-11+b2	45.5 kB	1,050.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.2-11+b2	50.9 kB	130.0 kB	[list of files]