Pacote: clonalframe (1.2-11 e outros)

[ Fonte: clonalframe  ]

inference of bacterial microevolution using multilocus sequence data

ClonalFrame identifies the clonal relationships between the members of a sample, while also estimating the chromosomal position of homologous recombination events that have disrupted the clonal inheritance.

ClonalFrame can be applied to any kind of sequence data, from a single fragment of DNA to whole genomes. It is well suited for the analysis of MLST data, where 7 gene fragments have been sequenced, but becomes progressively more powerful as the sequenced regions increase in length and number up to whole genomes. However, it requires the sequences to be aligned. If you have genomic data that is not aligned, it is recommend to use Mauve which produces alignment of whole bacterial genomes in exactly the format required for analysis with ClonalFrame.

Etiquetas: Implementado em: C++, Função: Programa

Outros pacotes relacionados a clonalframe

• dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
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  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

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  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• sug: clonalframeml

  Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes

Download de clonalframe

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	1.2-11+b2	51.1 kB	152.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	1.2-11+b3	51.5 kB	143.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1.2-11+b3	46.9 kB	151.0 kB	[lista de arquivos]
armel	1.2-11+b3	43.9 kB	118.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1.2-11+b3	42.1 kB	90.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	1.2-11+b2	54.6 kB	149.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1.2-11+b3	54.3 kB	134.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	1.2-11+b1	68.7 kB	264.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	1.2-11+b1	47.9 kB	135.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	1.2-11+b2	47.7 kB	126.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1.2-11+b3	54.9 kB	223.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	1.2-11+b2	56.5 kB	215.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1.2-11+b3	56.6 kB	215.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1.2-11+b2	51.1 kB	111.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1.2-11+b3	53.9 kB	147.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	1.2-11+b2	56.5 kB	151.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	1.2-11+b2	45.5 kB	1,050.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	1.2-11+b2	50.9 kB	130.0 kB	[lista de arquivos]