Package: clonalframe (1.2-11 and others)

[ Source: clonalframe  ]

multilocus 시퀀스 데이터를 사용하여 세균 소진화 추론

ClonalFrame은 클론 상속을 중단한 상동 재조합 이벤트 염색체 위치를 추정하면 서, 샘플 멤버들 사이에 클론 관계를 식별합니다.

전체 게놈에서 단일 조각 DNA를 통해, Clonalframe을 임의의 시퀀스 데이타에도 적용할 수 있습니다. 이는 7 유전자 단편이 시퀀스된, MLST 데이타 분석에 꽤 적 합하지만, 시퀀스된 영역이 전체 게놈에 길이와 수를 증가함으로 점차 더 강력해 집니다. 하지만 이는 정렬된 시퀀스를 요구합니다. 정렬되지 않은 게놈 데이타를 가지고 있을 경우, ClonalFrame 분석에 필요한 정확한 형식으로 전체 박테리아 게놈을 정렬하는 Mauve 사용을 권장합니다.

Tags: Implemented in: C++, Role: Program

Other Packages Related to clonalframe

• dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  GNU C 라이브러리: 공유 라이브러리
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

  GNU C 라이브러리: 공유 라이브러리
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, hppa, ia64, m68k]

  GCC 기능 지원 라이브러리

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 기능 지원 라이브러리

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 기능 지원 라이브러리

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [not ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgslcblas0 (>= 2.8) [sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ia64]

  GNU 표준 C++ 라이브러리 v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• sug: clonalframeml

  Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes

Download clonalframe

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.2-11+b2	51.1 kB	152.0 kB	[list of files]
amd64	1.2-11+b3	51.5 kB	143.0 kB	[list of files]
arm64	1.2-11+b3	46.9 kB	151.0 kB	[list of files]
armel	1.2-11+b3	43.9 kB	118.0 kB	[list of files]
armhf	1.2-11+b3	42.1 kB	90.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.2-11+b2	54.6 kB	149.0 kB	[list of files]
i386	1.2-11+b3	54.3 kB	134.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.2-11+b1	68.7 kB	264.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.2-11+b2	47.7 kB	126.0 kB	[list of files]
mips64el	1.2-11+b3	54.9 kB	223.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.2-11+b2	56.5 kB	215.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.2-11+b3	56.6 kB	215.0 kB	[list of files]
riscv64	1.2-11+b2	51.1 kB	111.0 kB	[list of files]
s390x	1.2-11+b3	53.9 kB	147.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.2-11+b2	56.5 kB	151.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.2-11+b2	45.5 kB	1,050.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.2-11+b2	50.9 kB	130.0 kB	[list of files]