Package: clonalframe (1.2-10 and others)

[ Source: clonalframe  ]

inferenza della microevoluzione batterica usando dati di sequenze multi-loci

ClonalFrame identifica le relazioni clonali tra i membri di un campione, stimando al contempo la posizione nei cromosomi di eventi di ricombinazione omologa che hanno perturbato l'eredità clonale.

ClonalFrame può essere applicato a qualsiasi tipo di dati di sequenza, da un singolo frammento di DNA a genomi interi. È ben adatto per l'analisi di dati MLST, in cui sono stati sequenziati 7 frammenti genetici, ma diventa progressivamente più potente mano a mano che le regioni sequenziate aumentano di lunghezza fino a diventare interi genomi. Tuttavia, richiede che le sequenze siano allineate. Se si hanno dati genomici non allineati, è raccomandato l'uso di Mauve che produce allineamenti di interi genomi batterici nell'esatto formato richiesto per le analisi con ClonalFrame.

Tags: Implemented in: C++, Role: Program

Other Packages Related to clonalframe

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.7) [not amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgsl25 (>= 2.6)

  GNU Scientific Library (GSL) -- pacchetto della libreria

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• sug: clonalframeml

  efficiente inferenza di ricombinazione in genomi interi di batteri

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.2-10+b1	49.4 kB	136.0 kB	[list of files]
arm64	1.2-10+b1	44.6 kB	120.0 kB	[list of files]
armel	1.2-10+b1	42.7 kB	115.0 kB	[list of files]
armhf	1.2-10+b1	41.5 kB	87.0 kB	[list of files]
i386	1.2-10+b1	52.8 kB	131.0 kB	[list of files]
mips64el	1.2-10+b1	54.1 kB	164.0 kB	[list of files]
mipsel	1.2-10+b1	53.0 kB	150.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.2-10+b1	53.2 kB	152.0 kB	[list of files]
s390x	1.2-10+b1	47.0 kB	136.0 kB	[list of files]