套件：clonalframe（1.2-11 以及其他的）

[ 原始碼： clonalframe  ]

inference of bacterial microevolution using multilocus sequence data

ClonalFrame identifies the clonal relationships between the members of a sample, while also estimating the chromosomal position of homologous recombination events that have disrupted the clonal inheritance.

ClonalFrame can be applied to any kind of sequence data, from a single fragment of DNA to whole genomes. It is well suited for the analysis of MLST data, where 7 gene fragments have been sequenced, but becomes progressively more powerful as the sequenced regions increase in length and number up to whole genomes. However, it requires the sequences to be aligned. If you have genomic data that is not aligned, it is recommend to use Mauve which produces alignment of whole bacterial genomes in exactly the format required for analysis with ClonalFrame.

標籤: 實做語言: C++, 角色: 程式

其他與 clonalframe 有關的套件

• dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [除 alpha, ia64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [除 armel, armhf, hppa, ia64, m68k]

  GCC 支援函式庫

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 支援函式庫

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 支援函式庫

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [除 ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgslcblas0 (>= 2.8) [sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ia64]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [除 ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• sug: clonalframeml

  Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes

下載 clonalframe

下載可用於所有硬體架構的

硬體架構	版本	套件大小	安裝後大小	檔案
alpha （非官方移植版）	1.2-11+b2	51。1 kB	152。0 kB	[檔案列表]
amd64	1.2-11+b3	51。5 kB	143。0 kB	[檔案列表]
arm64	1.2-11+b3	46。9 kB	151。0 kB	[檔案列表]
armel	1.2-11+b3	43。9 kB	118。0 kB	[檔案列表]
armhf	1.2-11+b3	42。1 kB	90。0 kB	[檔案列表]
hppa （非官方移植版）	1.2-11+b2	54。6 kB	149。0 kB	[檔案列表]
i386	1.2-11+b3	54。3 kB	134。0 kB	[檔案列表]
ia64 （非官方移植版）	1.2-11+b1	68。7 kB	264。0 kB	[檔案列表]
m68k （非官方移植版）	1.2-11+b2	47。7 kB	126。0 kB	[檔案列表]
mips64el	1.2-11+b3	54。9 kB	223。0 kB	[檔案列表]
ppc64 （非官方移植版）	1.2-11+b2	56。5 kB	215。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	1.2-11+b3	56。6 kB	215。0 kB	[檔案列表]
riscv64	1.2-11+b2	51。1 kB	111。0 kB	[檔案列表]
s390x	1.2-11+b3	53。9 kB	147。0 kB	[檔案列表]
sh4 （非官方移植版）	1.2-11+b2	56。5 kB	151。0 kB	[檔案列表]
sparc64 （非官方移植版）	1.2-11+b2	45。5 kB	1，050。0 kB	[檔案列表]
x32 （非官方移植版）	1.2-11+b2	50。9 kB	130。0 kB	[檔案列表]