Paquet : clonalframe (1.2-11 et autres)

[ Paquet source : clonalframe  ]

inférence de microévolution bactérienne en utilisant des données de séquence multilocus

ClonalFrame identifie les relations clonales entre les membres d'un échantillon et estime la position chromosomale des évènements de recombinaison homologue qui peuvent perturber l'héritage clonal.

ClonalFrame peut être appliqué à n'importe quelle séquence de données, d'un fragment d'ADN à des génomes entiers. Il est performant dans l'analyse de données MLST, où 7 fragments de gène ont été séquencés, et devient progressivement de plus en plus performant à mesure que les régions séquencées augmentent en longueur et nombre jusqu'au génome entier. Il nécessite cependant que les séquences soient alignées. Si les données génomiques ne sont pas alignées, il est recommandé d'utiliser Mauve qui produit un alignement de génomes bactériens entiers au format requis par ClonalFrame pour l'analyse.

Étiquettes: Mis en œuvre en: C++, Rôle: Programme

Autres paquets associés à clonalframe

• dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, hppa, ia64, m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [non ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgslcblas0 (>= 2.8) [sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ia64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• sug: clonalframeml

  inférence efficace de recombinaison de génomes de bactéries entières

Télécharger clonalframe

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.2-11+b2	51,1 ko	152,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.2-11+b3	51,5 ko	143,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.2-11+b3	46,9 ko	151,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.2-11+b3	43,9 ko	118,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.2-11+b3	42,1 ko	90,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.2-11+b2	54,6 ko	149,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.2-11+b3	54,3 ko	134,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.2-11+b1	68,7 ko	264,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.2-11+b2	47,7 ko	126,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.2-11+b3	54,9 ko	223,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.2-11+b2	56,5 ko	215,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.2-11+b3	56,6 ko	215,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.2-11+b2	51,1 ko	111,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.2-11+b3	53,9 ko	147,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.2-11+b2	56,5 ko	151,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.2-11+b2	45,5 ko	1 050,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.2-11+b2	50,9 ko	130,0 ko	[liste des fichiers]