Balík: clonalframe (1.2-11 a iné)

[ Zdroj: clonalframe  ]

odvodenie mikroevolúcie baktérií pomocou multilocus sekvencovaných dát

ClonalFrame identifikuje klonálne vzťahy medzi jedincami vo vzorke, pričom tiež odhaduje chromozomálnu pozíciu homologických rekombinačných udalostí, ktoré narušili klonálnu dedičnosť.

ClonalFrame je možné aplikovať na ľubovoľný typ sekvencovaných dát, od jediného fragmentu DNA až po celé genómy. Je vhodný na analýzu dát MLST, jde bolo sekvencovaných 7 fragmentov génu, ale jeho užitočnosť rastie s dĺžkou sekvencovaných oblastí až po celé genómy. Vyžaduje však, aby aby boli sekvencie zarovnané. Ak máte nezarovnané dáta genómov, odporúča sa použiť Mauve, ktorý vytvorí zarovnanie celých bakteriálnych genómov presne vo formáte, ktorý vyžaduje klonálna analýza pomocou ClonalFrame.

Značky: Implementované v: C++, Role: Program

Ostatné balíky súvisiace s balíkom clonalframe

• dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [ia64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, hppa, ia64, m68k]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) - balík knižnice

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [nie ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) - balík knižnice

• dep: libgslcblas0 (>= 2.8) [sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) - balík knižnice blas

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ia64]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• sug: clonalframeml

  Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes

Stiahnuť clonalframe

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	1.2-11+b2	51.1 kB	152.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	1.2-11+b3	51.5 kB	143.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.2-11+b3	46.9 kB	151.0 kB	[zoznam súborov]
armel	1.2-11+b3	43.9 kB	118.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	1.2-11+b3	42.1 kB	90.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	1.2-11+b2	54.6 kB	149.0 kB	[zoznam súborov]
i386	1.2-11+b3	54.3 kB	134.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	1.2-11+b1	68.7 kB	264.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	1.2-11+b2	47.7 kB	126.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1.2-11+b3	54.9 kB	223.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	1.2-11+b2	56.5 kB	215.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1.2-11+b3	56.6 kB	215.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	1.2-11+b2	51.1 kB	111.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	1.2-11+b3	53.9 kB	147.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	1.2-11+b2	56.5 kB	151.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	1.2-11+b2	45.5 kB	1,050.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	1.2-11+b2	50.9 kB	130.0 kB	[zoznam súborov]