Paquet : tiddit (3.5.2+dfsg-1)

[ Paquet source : tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Autres paquets associés à tiddit

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.4) [non arm64, ppc64el]

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.12)

  dep: python3 (>= 3.11~)

• dep: python3-joblib

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux avec le langage Python 3

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

Télécharger tiddit

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	265,3 ko	1 151,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	213,8 ko	1 187,0 ko	[liste des fichiers]
armel	222,8 ko	965,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	225,4 ko	677,0 ko	[liste des fichiers]
i386	246,9 ko	1 069,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	199,6 ko	1 332,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	201,2 ko	1 242,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	228,7 ko	1 315,0 ko	[liste des fichiers]