Paquet : r-bioc-shortread (1.64.0-3 et autres)

[ Paquet source : r-bioc-shortread  ]

GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

This BioConductor module is a package for input, quality assessment, manipulation and output of high-throughput sequencing data. ShortRead is provided in the R and Bioconductor environments, allowing ready access to additional facilities for advanced statistical analysis, data transformation, visualization and integration with diverse genomic resources.

Autres paquets associés à r-bioc-shortread

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [hppa, m68k, mips64el, ppc64, s390x, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non hppa, ia64, m68k, sparc64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [sparc64]

  Paquet indisponible

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Paquet indisponible

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [m68k, sparc64]

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11) [non m68k, sparc64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: r-api-3.4 [m68k]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-3.5 [sparc64]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-4.0 [non m68k, sparc64]

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-bioc-3.20 [non hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-api-bioc-3.8 [sparc64]

  Paquet indisponible

• dep: r-base-core (>= 3.4.3-1) [m68k]

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

  dep: r-base-core (>= 3.5.2-1) [sparc64]

  dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]

• dep: r-bioc-biobase

  fonctions de base pour Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.23.3)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.37.1) [m68k]

  GNU R string objects representing biological sequences

  dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6) [non m68k]

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.1.19) [m68k]

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

  dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.15.2) [non m68k]

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.6) [non m68k]

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

  dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.5.4) [m68k]

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.21.6) [m68k]

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

  dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8) [non m68k]

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12) [non m68k]

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

  dep: r-bioc-iranges (>= 2.3.7) [m68k]

• dep: r-bioc-pwalign [non hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

  Perform pairwise sequence alignments

• dep: r-bioc-rhtslib [non m68k, sparc64]

  HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.21.4) [m68k]

  importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

  dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.31.2) [non m68k]

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.13.8) [m68k]

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

  dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25) [non m68k]

• dep: r-bioc-xvector [non m68k, sparc64]

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• dep: r-bioc-zlibbioc [hppa, ia64, sh4, x32]

  (Virtual) zlibbioc Bioconductor package

• dep: r-cran-hwriter

  éditeur HTML – production d’objets de R au format HTML

• dep: r-cran-lattice

  paquet GNU R pour les graphes « Trellis »

• dep: r-cran-latticeextra

  paquet de GNU R d’affichages graphiques supplémentaires basés sur les treillis

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: r-cran-runit

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

• sug: r-bioc-biocstyle [non m68k, sparc64]

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-biomart

  interface de GNU R aux bases de données BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase et Gramene)

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-cran-knitr [non hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-runit [non sparc64]

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

Télécharger r-bioc-shortread

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.64.0-3	5 097,0 ko	8 257,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.64.0-3	5 097,5 ko	8 210,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.64.0-3	5 093,3 ko	8 256,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.60.0-2	5 064,8 ko	7 527,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.60.0-2	5 072,7 ko	7 620,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	1.64.0-3	5 096,0 ko	8 257,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.36.0-1	4 189,1 ko	6 069,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.64.0-3	5 090,3 ko	8 270,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.64.0-3	5 101,6 ko	8 325,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.64.0-3	5 099,2 ko	8 320,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.64.0-3	5 095,3 ko	8 190,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.64.0-3	5 095,9 ko	8 220,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.60.0-2	5 066,6 ko	7 494,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.40.0-1	4 896,8 ko	7 343,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.56.1-1	5 043,0 ko	7 479,0 ko	[liste des fichiers]