Paquet : r-bioc-shortread (1.56.1-1)

[ Paquet source : r-bioc-shortread  ]

GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

This BioConductor module is a package for input, quality assessment, manipulation and output of high-throughput sequencing data. ShortRead is provided in the R and Bioconductor environments, allowing ready access to additional facilities for advanced statistical analysis, data transformation, visualization and integration with diverse genomic resources.

Autres paquets associés à r-bioc-shortread

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.7) [non amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-biobase

  fonctions de base pour Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.23.3)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.15.2)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.6)

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-rhtslib

  HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.31.2)

  importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-xvector

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• dep: r-bioc-zlibbioc

  (Virtual) zlibbioc Bioconductor package

• dep: r-cran-hwriter

  HTML Writer - Outputs R objects in HTML format

• dep: r-cran-lattice

  paquet GNU R pour les graphes « Trellis »

• dep: r-cran-latticeextra

  paquet de GNU R d’affichages graphiques supplémentaires basés sur les treillis

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-biomart

  interface de GNU R aux bases de données BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase et Gramene)

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-cran-runit

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

Télécharger r-bioc-shortread

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	5 042,4 ko	7 491,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	5 038,4 ko	7 541,0 ko	[liste des fichiers]
armel	5 032,7 ko	7 479,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	5 034,4 ko	7 476,0 ko	[liste des fichiers]
i386	5 045,3 ko	7 506,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	5 033,1 ko	7 556,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	5 033,1 ko	7 554,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	5 044,2 ko	7 605,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	5 038,8 ko	7 497,0 ko	[liste des fichiers]