[ ソース: r-bioc-shortread ]
パッケージ: r-bioc-shortread (1.62.0-1 など)
r-bioc-shortread に関するリンク
Debian の資源:
r-bioc-shortread ソースパッケージをダウンロード:
- [r-bioc-shortread_1.62.0-1.dsc]
- [r-bioc-shortread_1.62.0.orig.tar.gz]
- [r-bioc-shortread_1.62.0-1.debian.tar.xz]
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [bioconductor.org]
類似のパッケージ:
GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data
This BioConductor module is a package for input, quality assessment, manipulation and output of high-throughput sequencing data. ShortRead is provided in the R and Bioconductor environments, allowing ready access to additional facilities for advanced statistical analysis, data transformation, visualization and integration with diverse genomic resources.
その他の r-bioc-shortread 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.16) [x32]
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
- dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.7) [hppa, m68k, mips64el, ppc64, s390x, sparc64]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [hppa, ia64, m68k, sparc64 以外]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC 共有ライブラリ
-
- dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [sparc64]
- パッケージは利用できません
-
- dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]
- パッケージは利用できません
-
- dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [m68k, sparc64]
- GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
-
- dep: libstdc++6 (>= 11) [m68k, sparc64 以外]
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sparc64]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
-
- dep: r-api-3.4 [m68k]
- パッケージは利用できません
-
- dep: r-api-3.5 [sparc64]
- パッケージは利用できません
-
- dep: r-api-4.0 [m68k, sparc64 以外]
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: r-base-core
-
- dep: r-api-bioc-3.16 [x32]
- パッケージは利用できません
-
- dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]
- パッケージは利用できません
-
- dep: r-api-bioc-3.19 [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: r-bioc-biocgenerics
-
- dep: r-api-bioc-3.8 [sparc64]
- パッケージは利用できません
-
- dep: r-base-core (>= 3.4.3-1) [m68k]
- GNU R core of statistical computation and graphics system
- dep: r-base-core (>= 3.5.2-1) [sparc64]
- dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]
-
- dep: r-bioc-biobase [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
- base functions for Bioconductor
- dep: r-bioc-biobase (>= 2.64.0) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
-
- dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.23.3) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
- generic functions for Bioconductor
- dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
-
- dep: r-bioc-biocparallel [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
- BioConductor facilities for parallel evaluation
- dep: r-bioc-biocparallel (>= 1.38.0) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
-
- dep: r-bioc-biostrings (>= 2.37.1) [m68k]
- GNU R string objects representing biological sequences
- dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]
- dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
-
- dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.1.19) [m68k]
- BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers
- dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.15.2) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]
- dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
-
- dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.6) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]
- BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments
- dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
- dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.5.4) [m68k]
-
- dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.21.6) [m68k]
- BioConductor representation and manipulation of genomic intervals
- dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]
- dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
-
- dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]
- GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges
- dep: r-bioc-iranges (>= 2.3.7) [m68k]
- dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
-
- dep: r-bioc-pwalign (>= 1.0.0-2~0exp1) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
- Perform pairwise sequence alignments
-
- dep: r-bioc-rhtslib [hppa, ia64, sh4, x32]
- HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package
- dep: r-bioc-rhtslib (>= 3.0.0) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
-
- dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.21.4) [m68k]
- GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import
- dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.31.2) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]
- dep: r-bioc-rsamtools (>= 2.20.0) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
-
- dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.13.8) [m68k]
- BioConductor S4 implementation of vectors and lists
- dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]
- dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
-
- dep: r-bioc-xvector [hppa, ia64, sh4, x32]
- BioConductor representation and manpulation of external sequences
- dep: r-bioc-xvector (>= 0.44.0) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
-
- dep: r-bioc-zlibbioc [hppa, ia64, sh4, x32]
- (Virtual) zlibbioc Bioconductor package
- dep: r-bioc-zlibbioc (>= 1.50.0) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
-
- dep: r-cran-hwriter
- HTML Writer - Outputs R objects in HTML format
-
- dep: r-cran-lattice
- 'Trellis' グラフィック用 GNU R パッケージ
-
- dep: r-cran-latticeextra
- GNU R package of additional graphical displays based on lattice
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
-
- rec: r-cran-runit
- GNU R package providing unit testing framework
-
- sug: r-bioc-biocstyle [hppa, ia64, sh4, x32]
- standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
- sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
-
- sug: r-bioc-biomart [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
- GNU R Interface to BioMart databases (Ensembl, COSMIC, Wormbase and Gramene)
- sug: r-bioc-biomart (>= 2.60.1) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
-
- sug: r-bioc-genomicfeatures [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
- GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations
- sug: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
-
- sug: r-cran-knitr [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
- GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
-
- sug: r-cran-runit [sparc64 以外]
- GNU R package providing unit testing framework
r-bioc-shortread のダウンロード
アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
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alpha (非公式の移植版) | 1.62.0-1 | 5,095.0 kB | 8,253.0 kB | [ファイル一覧] |
amd64 | 1.62.0-1 | 5,095.4 kB | 8,206.0 kB | [ファイル一覧] |
arm64 | 1.62.0-1 | 5,091.8 kB | 8,252.0 kB | [ファイル一覧] |
hppa (非公式の移植版) | 1.60.0-2 | 5,064.8 kB | 7,527.0 kB | [ファイル一覧] |
ia64 (非公式の移植版) | 1.60.0-2 | 5,072.7 kB | 7,620.0 kB | [ファイル一覧] |
m68k (非公式の移植版) | 1.36.0-1 | 4,189.1 kB | 6,069.0 kB | [ファイル一覧] |
mips64el | 1.62.0-1 | 5,088.5 kB | 8,266.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64 (非公式の移植版) | 1.62.0-1 | 5,099.6 kB | 8,320.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64el | 1.62.0-1 | 5,097.7 kB | 8,316.0 kB | [ファイル一覧] |
riscv64 | 1.62.0-1 | 5,094.1 kB | 8,186.0 kB | [ファイル一覧] |
s390x | 1.62.0-1 | 5,094.2 kB | 8,216.0 kB | [ファイル一覧] |
sh4 (非公式の移植版) | 1.60.0-2 | 5,066.6 kB | 7,494.0 kB | [ファイル一覧] |
sparc64 (非公式の移植版) | 1.40.0-1 | 4,896.8 kB | 7,343.0 kB | [ファイル一覧] |
x32 (非公式の移植版) | 1.56.1-1 | 5,043.0 kB | 7,479.0 kB | [ファイル一覧] |