Paquet : r-bioc-pwalign (1.2.0-2)

[ Paquet source : r-bioc-pwalign  ]

Perform pairwise sequence alignments

The two main functions in the package are pairwiseAlignment() and stringDist(). The former solves (Needleman-Wunsch) global alignment, (Smith-Waterman) local alignment, and (ends-free) overlap alignment problems. The latter computes the Levenshtein edit distance or pairwise alignment score matrix for a set of strings.

Autres paquets associés à r-bioc-pwalign

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [mips64el, ppc64, s390x, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.20

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biocgenerics

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.71.5)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-iranges

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-xvector

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• sug: r-cran-runit

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

Télécharger r-bioc-pwalign

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	736,2 ko	1 144,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	737,3 ko	1 105,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	735,9 ko	1 145,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	735,8 ko	1 144,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	734,3 ko	1 153,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	739,4 ko	1 210,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	737,8 ko	1 145,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	736,7 ko	1 089,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	737,0 ko	1 109,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	732,5 ko	2 042,0 ko	[liste des fichiers]