Paquet : r-bioc-genomicranges (1.58.0+dfsg-2 et autres)

[ Paquet source : r-bioc-genomicranges  ]

BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

The ability to efficiently store genomic annotations and alignments is playing a central role when it comes to analyze high-throughput sequencing data (a.k.a. NGS data). The package defines general purpose containers for storing genomic intervals as well as more specialized containers for storing alignments against a reference genome.

Autres paquets associés à r-bioc-genomicranges

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, m68k, mips64el, ppc64, s390x, sparc64]

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-bioc-3.20 [non hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.37.0)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.15.2)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.31.2) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

  dep: r-bioc-iranges (>= 2.37.1) [non hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.27.12)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.29.2)

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• sug: r-bioc-annotate

  annotations de BioConductor pour les puces à ADN

• sug: r-bioc-annotationdbi

  GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor

• sug: r-bioc-annotationhub

  client GNU R pour accéder aux ressources d'AnnotationHub

• sug: r-bioc-biobase

  fonctions de base pour Bioconductor

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-biostrings (>= 2.25.3)

  GNU R string objects representing biological sequences

• sug: r-bioc-bsgenome

  infrastructure de BioConductor pour les paquets de données de génome basés sur Biostrings

• sug: r-bioc-deseq2 [non m68k]

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• sug: r-bioc-dexseq

  GNU R inference of differential exon usage in RNA-Seq

• sug: r-bioc-edger

  analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

• sug: r-bioc-genomicalignments

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-gviz

  Plotting data and annotation information along genomic coordinates

• sug: r-bioc-keggrest

  GNU R client-side REST access to KEGG

• sug: r-bioc-rsamtools (>= 1.13.53)

  importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

• sug: r-bioc-rtracklayer

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• sug: r-bioc-summarizedexperiment (>= 0.1.5)

  BioConductor assay container

• sug: r-bioc-txdbmaker [non hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  Tools for making TxDb objects from genomic annotations

• sug: r-bioc-variantannotation

  BioConductor annotation of genetic variants

• sug: r-cran-digest

  GNU R package for 'hash digest' of R data structures

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-matrix

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-runit

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

Télécharger r-bioc-genomicranges

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.58.0+dfsg-2	2 042,9 ko	2 951,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.58.0+dfsg-2	2 043,3 ko	2 936,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.58.0+dfsg-2	2 043,0 ko	2 952,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.54.1+dfsg-1	1 783,6 ko	2 790,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.54.1+dfsg-1	1 783,4 ko	2 812,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.54.1+dfsg-1	1 781,8 ko	2 780,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.58.0+dfsg-2	2 041,7 ko	2 957,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.58.0+dfsg-2	2 044,4 ko	3 016,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.58.0+dfsg-2	2 043,2 ko	2 952,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.58.0+dfsg-2	2 043,3 ko	2 928,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.58.0+dfsg-2	2 042,4 ko	2 936,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.54.1+dfsg-1	1 781,9 ko	2 804,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.58.0+dfsg-2	2 041,0 ko	3 912,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.54.1+dfsg-1	1 784,3 ko	2 788,0 ko	[liste des fichiers]