Пакунок: nanopolish (0.13.2-3)

[ Source: nanopolish  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Інші пакунки пов'язані з nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [not armel, armhf, mipsel, ppc64el]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhdf5-103-1

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: perl

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

• dep: python3

  Інтерактивна обʼєктно-орієнтована мова високого рівня (типова версія „python3“)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not arm64]

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [arm64]

• rec: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  Утиліта управління компіляцією

• sug: perl

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

Завантажити nanopolish

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	2,199.8 kB	9,539.0 kB	[список файлів]
arm64	2,130.2 kB	9,334.0 kB	[список файлів]
armel	2,126.7 kB	9,405.0 kB	[список файлів]
armhf	2,141.1 kB	8,985.0 kB	[список файлів]
i386	2,247.0 kB	9,797.0 kB	[список файлів]
mips64el	2,140.4 kB	9,757.0 kB	[список файлів]
mipsel	2,163.9 kB	9,796.0 kB	[список файлів]
ppc64el	2,202.2 kB	9,795.0 kB	[список файлів]
s390x	2,134.3 kB	9,626.0 kB	[список файлів]