Paketti: nanopolish (0.14.0-1 ja muut)

[ Source: nanopolish  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Muut pakettiin nanopolish liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ei armel, armhf]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3)

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1)

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1)

  fast integer compression in C using the StreamVByte codec

• dep: perl

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [ei armel, armhf]

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf]

• rec: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  utility for directing compilation

• sug: perl

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

Imuroi nanopolish

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	0.14.0-1+b2	2,149.8 kt	9,639.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	0.14.0-1+b3	2,079.4 kt	9,475.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	0.14.0-1+b2	2,085.0 kt	9,533.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	0.14.0-1+b2	2,090.4 kt	9,129.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	0.14.0-1+b2	2,171.1 kt	9,713.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	0.14.0-1+b2	2,106.0 kt	9,846.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	0.14.0-1+b2	2,150.9 kt	9,859.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	0.14.0-1+b3	2,144.4 kt	9,315.0 kt	[tiedostoluettelo]