Paket: python3-cyvcf2 (0.31.1-2 und andere)

[ Quellcode: cyvcf2  ]

VCF parser based on htslib (Python 3)

This modules allows fast parsing of VCF and BCF including region-queries with Python. This is essential for efficient analyses of nucleotide variation with Python on high-throughput sequencing data.

cyvcf2 is a cython wrapper around htslib. Attributes like variant.gt_ref_depths return a numpy array directly so they are immediately ready for downstream use.

This package installs the library for Python 3.

Andere Pakete mit Bezug zu python3-cyvcf2

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.7) [nicht alpha, amd64, arm64, ia64, ppc64el, riscv64, sh4, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

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  dep: python3 (>= 3.11~) [ia64]

  dep: python3 (>= 3.12~) [nicht ia64]

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  Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x

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  colored terminal output for Python 3's logging module

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• dep: python3-numpy-abi9

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch python3-numpy

python3-cyvcf2 herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	0.31.1-2	846,6 kB	5.669,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	0.31.1-2	877,9 kB	5.581,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	0.31.1-2	840,7 kB	5.472,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	0.31.1-2	843,4 kB	5.482,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	0.31.1-2	846,9 kB	5.278,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	0.31.1-2	869,4 kB	5.939,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	0.31.1-2	880,5 kB	5.627,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	0.30.28-1+b1	1.027,9 kB	6.797,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	0.31.1-2	492,2 kB	4.434,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	0.31.1-2	819,9 kB	5.554,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	0.31.1-2	864,3 kB	5.728,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	0.31.1-2	869,0 kB	5.664,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	0.31.1-2	874,1 kB	5.360,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	0.31.1-2	858,2 kB	5.556,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	0.31.1-2	606,4 kB	4.411,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	0.31.1-2	831,7 kB	5.800,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	0.31.1-2	889,1 kB	5.543,0 kB	[Liste der Dateien]