パッケージ: python3-cyvcf2 (0.31.1-2 など)

[ ソース: cyvcf2  ]

VCF parser based on htslib (Python 3)

This modules allows fast parsing of VCF and BCF including region-queries with Python. This is essential for efficient analyses of nucleotide variation with Python on high-throughput sequencing data.

cyvcf2 is a cython wrapper around htslib. Attributes like variant.gt_ref_depths return a numpy array directly so they are immediately ready for downstream use.

This package installs the library for Python 3.

その他の python3-cyvcf2 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.7) [armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, ppc64, s390x, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.13) [ia64]

  dep: python3 (<< 3.14) [ia64 以外]

  dep: python3 (>= 3.11~) [ia64]

  dep: python3 (>= 3.13~) [ia64 以外]

• dep: python3-click

  Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x

• dep: python3-coloredlogs

  colored terminal output for Python 3's logging module

• dep: python3-numpy [ia64 以外]

  Python library for numerical computations (Python 3)

  dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0) [ia64]

• dep: python3-numpy-abi9 [ia64]

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: python3-numpy

• dep: python3-numpy2-abi0 [ia64 以外]

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: python3-numpy

  または python3-numpy-abi9

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: python3-numpy

python3-cyvcf2 のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	0.31.1-2+b3	850.2 kB	5,691.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	0.31.1-2+b3	886.6 kB	5,624.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	0.31.1-2+b3	849.1 kB	5,559.0 kB	[ファイル一覧]
armel	0.31.1-2+b3	848.3 kB	5,549.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	0.31.1-2+b3	852.8 kB	5,357.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	0.31.1-2+b3	871.2 kB	5,942.0 kB	[ファイル一覧]
i386	0.31.1-2+b4	881.9 kB	5,645.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	0.30.28-1+b1	1,027.9 kB	6,797.0 kB	[ファイル一覧]
loong64 (非公式の移植版)	0.31.1-2+b3	870.9 kB	5,623.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	0.31.1-2+b3	494.1 kB	4,464.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	0.31.1-2+b3	825.7 kB	5,642.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	0.31.1-2+b3	868.6 kB	5,751.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	0.31.1-2+b3	874.6 kB	5,751.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	0.31.1-2+b3	883.3 kB	5,403.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	0.31.1-2+b3	864.6 kB	5,594.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	0.31.1-2+b3	615.1 kB	4,497.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	0.31.1-2+b3	835.4 kB	5,823.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	0.31.1-2+b3	892.5 kB	5,570.0 kB	[ファイル一覧]