Пакунок: bowtie2 (2.5.4-1 and others)

[ Source: bowtie2  ]

ultrafast memory-efficient short read aligner

is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s or 1,000s of characters, and particularly good at aligning to relatively long (e.g. mammalian) genomes.

Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index to keep its memory footprint small: for the human genome, its memory footprint is typically around 3.2 GB. Bowtie 2 supports gapped, local, and paired-end alignment modes

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, Role: role::program, use::comparing, Works with: Biological Sequence

Інші пакунки пов'язані з bowtie2

• dep: libc6 (>= 2.29) [m68k]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.33) [ppc64, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not amd64, ia64, m68k, sh4]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ppc64, sparc64]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [m68k, sh4]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: perl

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

• sug: bowtie2-examples

  Examples for bowtie2

Завантажити bowtie2

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	2.5.4-1	1,614.6 kB	6,356.0 kB	[список файлів]
amd64	2.5.4-1	1,474.7 kB	5,936.0 kB	[список файлів]
arm64	2.5.4-1	1,372.1 kB	5,320.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	2.5.1-1	2,341.5 kB	11,597.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	2.4.2-2+b1	1,202.1 kB	5,463.0 kB	[список файлів]
mips64el	2.5.4-1	1,416.5 kB	6,185.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	2.4.5-1	1,346.4 kB	5,825.0 kB	[список файлів]
ppc64el	2.5.4-1	1,519.6 kB	6,024.0 kB	[список файлів]
riscv64	2.5.4-1	1,638.0 kB	4,724.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	2.4.2-2+b1	1,683.6 kB	4,651.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	2.4.5-1	1,197.3 kB	5,155.0 kB	[список файлів]