Пакунок: bowtie2 (2.5.4-1 and others)
Links for bowtie2
Debian Resources:
Download Source Package bowtie2:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Alexandre Mestiashvili (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
External Resources:
- Homepage [bowtie-bio.sourceforge.net]
Similar packages:
ultrafast memory-efficient short read aligner
is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s or 1,000s of characters, and particularly good at aligning to relatively long (e.g. mammalian) genomes.
Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index to keep its memory footprint small: for the human genome, its memory footprint is typically around 3.2 GB. Bowtie 2 supports gapped, local, and paired-end alignment modes
Інші пакунки пов'язані з bowtie2
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.29) [m68k]
- Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.33) [ppc64, sparc64]
- dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
- Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not amd64, ia64, m68k, sh4]
- Допоміжна бібліотека GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- Допоміжна бібліотека GCC
-
- dep: libstdc++6 (>= 11) [ppc64, sparc64]
- Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]
- dep: libstdc++6 (>= 14) [not ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64]
- dep: libstdc++6 (>= 9) [m68k, sh4]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- library to determine the call-chain of a program - runtime
-
- dep: perl
- Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)
-
- sug: bowtie2-examples
- Examples for bowtie2
Завантажити bowtie2
Архітектура | Версія | Розмір пакунка | Розмір після встановлення | Файли |
---|---|---|---|---|
alpha (unofficial port) | 2.5.4-1 | 1,614.6 kB | 6,356.0 kB | [список файлів] |
amd64 | 2.5.4-1 | 1,474.7 kB | 5,936.0 kB | [список файлів] |
arm64 | 2.5.4-1 | 1,372.1 kB | 5,320.0 kB | [список файлів] |
ia64 (unofficial port) | 2.5.1-1 | 2,341.5 kB | 11,597.0 kB | [список файлів] |
m68k (unofficial port) | 2.4.2-2+b1 | 1,202.1 kB | 5,463.0 kB | [список файлів] |
mips64el | 2.5.4-1 | 1,416.5 kB | 6,185.0 kB | [список файлів] |
ppc64 (unofficial port) | 2.4.5-1 | 1,346.4 kB | 5,825.0 kB | [список файлів] |
ppc64el | 2.5.4-1 | 1,519.6 kB | 6,024.0 kB | [список файлів] |
riscv64 | 2.5.4-1 | 1,638.0 kB | 4,724.0 kB | [список файлів] |
sh4 (unofficial port) | 2.4.2-2+b1 | 1,683.6 kB | 4,651.0 kB | [список файлів] |
sparc64 (unofficial port) | 2.4.5-1 | 1,197.3 kB | 5,155.0 kB | [список файлів] |