Пакунок: ariba (2.13.3+ds-1)

[ Source: ariba  ]

Antibiotic Resistance Identification By Assembly

ARIBA is a tool that identifies antibiotic resistance genes by running local assemblies. The input is a FASTA file of reference genes and paired sequencing reads. ARIBA reports which of the reference genes were found, plus detailed information on the quality of the assemblies and any variants between the sequencing reads and the reference genes.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, User Interface: Command Line, Role: role::program, scope::application, Purpose: Analysing

Інші пакунки пов'язані з ariba

• dep: bowtie2 (>= 2.1.0)

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: cd-hit

  suite of programs designed to quickly group sequences

• dep: fastaq (>= 3.12.0)

  FASTA and FASTQ file manipulation tools

• dep: libc6 (>= 2.14)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libfml0 (>= 0.1-4~)

  library for assembling Illumina short reads in small regions

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libminimap0

  library for approximate mapping of long biosequences

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: mash

  fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

• dep: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• dep: python3

  Інтерактивна об'єктно-орієнтована мова високого рівня (типова версія „python3“)

  dep: python3 (<< 3.8)

  dep: python3 (>= 3.7~)

• dep: python3-biopython

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 3)

• dep: python3-bs4

  error-tolerant HTML parser for Python 3

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

• dep: python3-matplotlib

  Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)

• dep: python3-pymummer (>= 0.10.2)

  Python 3 interface to MUMmer

• dep: python3-pysam (>= 0.9.1)

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-tk

  Tkinter - Writing Tk applications with Python 3.x

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

Завантажити ariba

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	1,639.6 kB	17,444.0 kB	[список файлів]