Paket: spaln (3.0.2+dfsg-2 och andra)

[ Källkod: spaln  ]

splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA

Spaln (space-efficient spliced alignment) is a stand-alone program that maps and aligns a set of cDNA or protein sequences onto a whole genomic sequence in a single job. It also performs spliced or ordinary alignment after rapid similarity search against a protein sequence database, if a genomic segment or an amino acid sequence is given as a query.

spaln supports a combination of protein sequence database and a given genomic segment and performs rapid similarity searches and (semi-)global alignments of a set of protein sequence queries against a protein sequence database. Spaln adopts multi-phase heuristics that makes it possible to perform the job on a conventional personal computer.

Andra paket besläktade med spaln

• dep: libc6 (>= 2.33) [hppa, m68k, sh4, x32]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.39) [ej alpha, hppa, ia64, m68k, riscv64, sh4, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [riscv64]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ej hppa, ia64, m68k, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [ej hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgslcblas0 (>= 2.8) [sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU standardbibliotek v3 för C++

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: spaln-data

  splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA (data)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

Hämta spaln

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	3.0.2+dfsg-2+b1	527,8 kbyte	2.363,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	3.0.2+dfsg-2+b1	567,9 kbyte	1.945,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	3.0.2+dfsg-2+b1	510,3 kbyte	2.231,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	2.4.7+dfsg-1	330,7 kbyte	799,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	3.0.2+dfsg-2	679,9 kbyte	3.602,0 kbyte	[filförteckning]
loong64 (inofficiell anpassning)	3.0.2+dfsg-2+b1	504,2 kbyte	1.845,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	2.4.7+dfsg-1	306,2 kbyte	811,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	3.0.2+dfsg-2+b1	541,2 kbyte	2.360,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	3.0.2+dfsg-2+b1	566,1 kbyte	2.819,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	3.0.2+dfsg-2+b1	573,3 kbyte	2.616,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	3.0.2+dfsg-2+b1	656,4 kbyte	3.350,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	3.0.2+dfsg-2+b1	582,8 kbyte	2.061,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	2.4.7+dfsg-1	373,7 kbyte	713,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	3.0.2+dfsg-2+b1	513,1 kbyte	14.484,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	2.4.7+dfsg-1	337,2 kbyte	813,0 kbyte	[filförteckning]