Paketti: spaln (3.0.2+dfsg-2 ja muut)

[ Source: spaln  ]

splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA

Spaln (space-efficient spliced alignment) is a stand-alone program that maps and aligns a set of cDNA or protein sequences onto a whole genomic sequence in a single job. It also performs spliced or ordinary alignment after rapid similarity search against a protein sequence database, if a genomic segment or an amino acid sequence is given as a query.

spaln supports a combination of protein sequence database and a given genomic segment and performs rapid similarity searches and (semi-)global alignments of a set of protein sequence queries against a protein sequence database. Spaln adopts multi-phase heuristics that makes it possible to perform the job on a conventional personal computer.

Muut pakettiin spaln liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.33) [hppa, m68k, sh4, x32]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.39) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [riscv64]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ei hppa, ia64, m68k, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [ei hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgslcblas0 (>= 2.8) [sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: spaln-data

  splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA (data)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

Imuroi spaln

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	3.0.2+dfsg-2+b1	527.8 kt	2,363.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	3.0.2+dfsg-2+b1	567.9 kt	1,945.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	3.0.2+dfsg-2+b1	510.3 kt	2,231.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	2.4.7+dfsg-1	330.7 kt	799.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	3.0.2+dfsg-2	679.9 kt	3,602.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	2.4.7+dfsg-1	306.2 kt	811.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	3.0.2+dfsg-2+b1	541.2 kt	2,360.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	3.0.2+dfsg-2+b1	566.1 kt	2,819.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	3.0.2+dfsg-2+b1	573.3 kt	2,616.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	3.0.2+dfsg-2+b1	656.4 kt	3,350.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	3.0.2+dfsg-2+b1	582.8 kt	2,061.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	2.4.7+dfsg-1	373.7 kt	713.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	3.0.2+dfsg-2+b1	513.1 kt	14,484.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	2.4.7+dfsg-1	337.2 kt	813.0 kt	[tiedostoluettelo]