パッケージ: spaln (3.0.2+dfsg-2 など)

[ ソース: spaln  ]

splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA

Spaln (space-efficient spliced alignment) is a stand-alone program that maps and aligns a set of cDNA or protein sequences onto a whole genomic sequence in a single job. It also performs spliced or ordinary alignment after rapid similarity search against a protein sequence database, if a genomic segment or an amino acid sequence is given as a query.

spaln supports a combination of protein sequence database and a given genomic segment and performs rapid similarity searches and (semi-)global alignments of a set of protein sequence queries against a protein sequence database. Spaln adopts multi-phase heuristics that makes it possible to perform the job on a conventional personal computer.

その他の spaln 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.33) [hppa, m68k, sh4, x32]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.39) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [riscv64]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [hppa, ia64, m68k, riscv64, sh4 以外]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [ia64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32 以外]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgslcblas0 (>= 2.8) [sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: spaln-data

  splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA (data)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

spaln のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	3.0.2+dfsg-2+b1	527.8 kB	2,363.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	3.0.2+dfsg-2+b1	567.9 kB	1,945.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	3.0.2+dfsg-2+b1	510.3 kB	2,231.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	2.4.7+dfsg-1	330.7 kB	799.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	3.0.2+dfsg-2	679.9 kB	3,602.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	2.4.7+dfsg-1	306.2 kB	811.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	3.0.2+dfsg-2+b1	541.2 kB	2,360.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	3.0.2+dfsg-2+b1	566.1 kB	2,819.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	3.0.2+dfsg-2+b1	573.3 kB	2,616.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	3.0.2+dfsg-2+b1	656.4 kB	3,350.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	3.0.2+dfsg-2+b1	582.8 kB	2,061.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	2.4.7+dfsg-1	373.7 kB	713.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	3.0.2+dfsg-2+b1	513.1 kB	14,484.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	2.4.7+dfsg-1	337.2 kB	813.0 kB	[ファイル一覧]