Paket: fastahack (1.0.0+dfsg-11 och andra)

[ Källkod: libfastahack  ]

utility for indexing and sequence extraction from FASTA files

fastahack is a small application for indexing and extracting sequences and subsequences from FASTA files. The included Fasta.cpp library provides a FASTA reader and indexer that can be embedded into applications which would benefit from directly reading subsequences from FASTA files. The library automatically handles index file generation and use.

Features:

 * FASTA index (.fai) generation for FASTA files
 * Sequence extraction
 * Subsequence extraction
 * Sequence statistics (currently only entropy is provided)

Sequence and subsequence extraction use fseek64 to provide fastest-possible extraction without RAM-intensive file loading operations. This makes fastahack a useful tool for bioinformaticists who need to quickly extract many subsequences from a reference FASTA sequence.

Andra paket besläktade med fastahack

• dep: libc6 (>= 2.38) [ej alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f) [amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, sparc64]

  library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)

  dep: libfastahack0 (>= 1.0.0+dfsg) [ej amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, sparc64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ej armel, armhf, hppa, ia64, m68k]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC stödbibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU standardbibliotek v3 för C++

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

Hämta fastahack

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	1.0.0+dfsg-11+b1	12,0 kbyte	85,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	1.0.0+dfsg-11+b2	12,4 kbyte	45,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	1.0.0+dfsg-11+b2	11,9 kbyte	85,0 kbyte	[filförteckning]
armel	1.0.0+dfsg-11+b2	11,6 kbyte	36,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	1.0.0+dfsg-11+b2	11,6 kbyte	36,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	1.0.0+dfsg-11+b1	12,1 kbyte	37,0 kbyte	[filförteckning]
i386	1.0.0+dfsg-11+b2	12,6 kbyte	44,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	1.0.0+dfsg-11	13,3 kbyte	49,0 kbyte	[filförteckning]
loong64 (inofficiell anpassning)	1.0.0+dfsg-11+b1	11,8 kbyte	53,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	1.0.0+dfsg-11+b1	12,2 kbyte	44,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	1.0.0+dfsg-11+b2	12,1 kbyte	86,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	1.0.0+dfsg-11+b1	12,4 kbyte	85,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	1.0.0+dfsg-11+b2	12,3 kbyte	85,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	1.0.0+dfsg-11+b2	11,7 kbyte	37,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	1.0.0+dfsg-11+b2	12,0 kbyte	41,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	1.0.0+dfsg-11+b1	12,8 kbyte	84,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	1.0.0+dfsg-11+b1	11,7 kbyte	1.046,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	1.0.0+dfsg-11+b1	12,3 kbyte	40,0 kbyte	[filförteckning]