Пакет: fastahack (1.0.0+dfsg-11 и другие)

[ Источник: libfastahack  ]

utility for indexing and sequence extraction from FASTA files

fastahack is a small application for indexing and extracting sequences and subsequences from FASTA files. The included Fasta.cpp library provides a FASTA reader and indexer that can be embedded into applications which would benefit from directly reading subsequences from FASTA files. The library automatically handles index file generation and use.

Features:

 * FASTA index (.fai) generation for FASTA files
 * Sequence extraction
 * Subsequence extraction
 * Sequence statistics (currently only entropy is provided)

Sequence and subsequence extraction use fseek64 to provide fastest-possible extraction without RAM-intensive file loading operations. This makes fastahack a useful tool for bioinformaticists who need to quickly extract many subsequences from a reference FASTA sequence.

Другие пакеты, относящиеся к fastahack

• dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, ia64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f) [amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, sparc64]

  library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)

  dep: libfastahack0 (>= 1.0.0+dfsg) [не amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, sparc64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, hppa, ia64, m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе

Загрузка fastahack

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.0.0+dfsg-11	11,7 Кб	84,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.0.0+dfsg-11+b2	12,4 Кб	45,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.0.0+dfsg-11+b2	11,9 Кб	85,0 Кб	[список файлов]
armel	1.0.0+dfsg-11+b2	11,6 Кб	36,0 Кб	[список файлов]
armhf	1.0.0+dfsg-11+b2	11,6 Кб	36,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	1.0.0+dfsg-11+b1	12,1 Кб	37,0 Кб	[список файлов]
i386	1.0.0+dfsg-11+b2	12,6 Кб	44,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1.0.0+dfsg-11	13,3 Кб	49,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.0.0+dfsg-11+b1	12,2 Кб	44,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.0.0+dfsg-11+b2	12,1 Кб	86,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	1.0.0+dfsg-11+b1	12,4 Кб	85,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.0.0+dfsg-11+b2	12,3 Кб	85,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.0.0+dfsg-11+b2	11,7 Кб	37,0 Кб	[список файлов]
s390x	1.0.0+dfsg-11+b2	12,0 Кб	41,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.0.0+dfsg-11+b1	12,8 Кб	84,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1.0.0+dfsg-11+b1	11,7 Кб	1 046,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	1.0.0+dfsg-11+b1	12,3 Кб	40,0 Кб	[список файлов]