Balík: fastahack (1.0.0+dfsg-11 a iné)

[ Zdroj: libfastahack  ]

utility for indexing and sequence extraction from FASTA files

fastahack is a small application for indexing and extracting sequences and subsequences from FASTA files. The included Fasta.cpp library provides a FASTA reader and indexer that can be embedded into applications which would benefit from directly reading subsequences from FASTA files. The library automatically handles index file generation and use.

Features:

 * FASTA index (.fai) generation for FASTA files
 * Sequence extraction
 * Subsequence extraction
 * Sequence statistics (currently only entropy is provided)

Sequence and subsequence extraction use fseek64 to provide fastest-possible extraction without RAM-intensive file loading operations. This makes fastahack a useful tool for bioinformaticists who need to quickly extract many subsequences from a reference FASTA sequence.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom fastahack

• dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f) [amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, sparc64]

  library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)

  dep: libfastahack0 (>= 1.0.0+dfsg) [nie amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, sparc64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, hppa, ia64, m68k]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

Stiahnuť fastahack

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	1.0.0+dfsg-11	11.7 kB	84.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	1.0.0+dfsg-11+b2	12.4 kB	45.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.0.0+dfsg-11+b2	11.9 kB	85.0 kB	[zoznam súborov]
armel	1.0.0+dfsg-11+b2	11.6 kB	36.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	1.0.0+dfsg-11+b2	11.6 kB	36.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	1.0.0+dfsg-11+b1	12.1 kB	37.0 kB	[zoznam súborov]
i386	1.0.0+dfsg-11+b2	12.6 kB	44.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	1.0.0+dfsg-11	13.3 kB	49.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	1.0.0+dfsg-11+b1	12.2 kB	44.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1.0.0+dfsg-11+b2	12.1 kB	86.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	1.0.0+dfsg-11+b1	12.4 kB	85.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1.0.0+dfsg-11+b2	12.3 kB	85.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	1.0.0+dfsg-11+b2	11.7 kB	37.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	1.0.0+dfsg-11+b2	12.0 kB	41.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	1.0.0+dfsg-11+b1	12.8 kB	84.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	1.0.0+dfsg-11+b1	11.7 kB	1,046.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	1.0.0+dfsg-11+b1	12.3 kB	40.0 kB	[zoznam súborov]