Paquet : fastahack (1.0.0+dfsg-11 et autres)

[ Paquet source : libfastahack  ]

utility for indexing and sequence extraction from FASTA files

fastahack is a small application for indexing and extracting sequences and subsequences from FASTA files. The included Fasta.cpp library provides a FASTA reader and indexer that can be embedded into applications which would benefit from directly reading subsequences from FASTA files. The library automatically handles index file generation and use.

Features:

 * FASTA index (.fai) generation for FASTA files
 * Sequence extraction
 * Subsequence extraction
 * Sequence statistics (currently only entropy is provided)

Sequence and subsequence extraction use fseek64 to provide fastest-possible extraction without RAM-intensive file loading operations. This makes fastahack a useful tool for bioinformaticists who need to quickly extract many subsequences from a reference FASTA sequence.

Autres paquets associés à fastahack

• dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, loong64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f) [amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, sparc64]

  library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)

  dep: libfastahack0 (>= 1.0.0+dfsg) [non amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, sparc64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, hppa, ia64, m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

Télécharger fastahack

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.0.0+dfsg-11+b1	12,0 ko	85,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.0.0+dfsg-11+b2	12,4 ko	45,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.0.0+dfsg-11+b2	11,9 ko	85,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.0.0+dfsg-11+b2	11,6 ko	36,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.0.0+dfsg-11+b2	11,6 ko	36,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.0.0+dfsg-11+b1	12,1 ko	37,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.0.0+dfsg-11+b2	12,6 ko	44,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.0.0+dfsg-11	13,3 ko	49,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	1.0.0+dfsg-11+b1	11,8 ko	53,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.0.0+dfsg-11+b1	12,2 ko	44,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.0.0+dfsg-11+b2	12,1 ko	86,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.0.0+dfsg-11+b1	12,4 ko	85,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.0.0+dfsg-11+b2	12,3 ko	85,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.0.0+dfsg-11+b2	11,7 ko	37,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.0.0+dfsg-11+b2	12,0 ko	41,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.0.0+dfsg-11+b1	12,8 ko	84,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.0.0+dfsg-11+b1	11,7 ko	1 046,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.0.0+dfsg-11+b1	12,3 ko	40,0 ko	[liste des fichiers]