Pacote: pizzly (0.37.3+ds-9 e outros)

[ Fonte: pizzly  ]

Identifies gene fusions in RNA sequencing data

For the interpretation of the transcriptome (the abundance and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly interested in transcripts that cannot be mapped to single genes but that are seen to be fused as parts from two genes. Likely eplanations are chromosomal translocations.

Pizzly can identify novel such peculiarities, building on interpretations on variable splicing by the tool kallisto. Both tools are elements of the bcbio workflow.

Outros pacotes relacionados a pizzly

• dep: kallisto

  near-optimal RNA-Seq quantification

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, arm64, ia64, riscv64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libstdc++6 (>= 12) [amd64, hppa, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-12) [ia64, m68k, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-9) [alpha, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• rec: python3-h5py

  general-purpose Python interface to hdf5

Download de pizzly

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	0.37.3+ds-9	271.7 kB	1,059.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	0.37.3+ds-9	285.5 kB	864.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	0.37.3+ds-9+b2	262.0 kB	929.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	0.37.3+ds-9	268.7 kB	819.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	0.37.3+ds-9	342.3 kB	1,558.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	0.37.3+ds-9	258.3 kB	815.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	0.37.3+ds-9	246.3 kB	962.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	0.37.3+ds-9	280.6 kB	1,056.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	0.37.3+ds-9	285.1 kB	992.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	0.37.3+ds-9+b2	289.6 kB	717.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	0.37.3+ds-9	249.8 kB	876.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	0.37.3+ds-9	334.6 kB	864.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	0.37.3+ds-9	230.4 kB	1,062.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	0.37.3+ds-9	286.2 kB	815.0 kB	[lista de arquivos]