Paquet : pizzly (0.37.3+ds-9 et autres)

[ Paquet source : pizzly  ]

identification de fusions de gènes dans des données de séquençage d’ARN

For the interpretation of the transcriptome (the abundance and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly interested in transcripts that cannot be mapped to single genes but that are seen to be fused as parts from two genes. Likely eplanations are chromosomal translocations.

Pizzly can identify novel such peculiarities, building on interpretations on variable splicing by the tool kallisto. Both tools are elements of the bcbio workflow.

Autres paquets associés à pizzly

• dep: kallisto

  quantification RNA-seq presque optimale

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, arm64, ia64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 12) [amd64, hppa, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-12) [ia64, m68k, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-9) [alpha, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: python3-h5py

  interface généraliste de Python pour hdf5

Télécharger pizzly

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.37.3+ds-9	271,7 ko	1 059,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	0.37.3+ds-9	285,5 ko	864,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.37.3+ds-9+b1	262,0 ko	865,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	0.37.3+ds-9	268,7 ko	819,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	0.37.3+ds-9	342,3 ko	1 558,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.37.3+ds-9	258,3 ko	815,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.37.3+ds-9	246,3 ko	962,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.37.3+ds-9	280,6 ko	1 056,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.37.3+ds-9	285,1 ko	992,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.37.3+ds-9+b1	285,6 ko	725,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	0.37.3+ds-9	249,8 ko	876,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	0.37.3+ds-9	334,6 ko	864,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.37.3+ds-9	230,4 ko	1 062,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.37.3+ds-9	286,2 ko	815,0 ko	[liste des fichiers]