Пакунок: pizzly (0.37.3+ds-9 and others)

[ Source: pizzly  ]

Identifies gene fusions in RNA sequencing data

For the interpretation of the transcriptome (the abundance and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly interested in transcripts that cannot be mapped to single genes but that are seen to be fused as parts from two genes. Likely eplanations are chromosomal translocations.

Pizzly can identify novel such peculiarities, building on interpretations on variable splicing by the tool kallisto. Both tools are elements of the bcbio workflow.

Інші пакунки пов'язані з pizzly

• dep: kallisto

  near-optimal RNA-Seq quantification

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, arm64, ia64, sh4]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 12) [amd64, hppa, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-12) [ia64, m68k, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-9) [alpha, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

• rec: python3-h5py

  general-purpose Python interface to hdf5

Завантажити pizzly

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	0.37.3+ds-9	271.7 kB	1,059.0 kB	[список файлів]
amd64	0.37.3+ds-9	285.5 kB	864.0 kB	[список файлів]
arm64	0.37.3+ds-9+b1	262.0 kB	865.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	0.37.3+ds-9	268.7 kB	819.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	0.37.3+ds-9	342.3 kB	1,558.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	0.37.3+ds-9	258.3 kB	815.0 kB	[список файлів]
mips64el	0.37.3+ds-9	246.3 kB	962.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	0.37.3+ds-9	280.6 kB	1,056.0 kB	[список файлів]
ppc64el	0.37.3+ds-9	285.1 kB	992.0 kB	[список файлів]
riscv64	0.37.3+ds-9+b1	285.6 kB	725.0 kB	[список файлів]
s390x	0.37.3+ds-9	249.8 kB	876.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	0.37.3+ds-9	334.6 kB	864.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	0.37.3+ds-9	230.4 kB	1,062.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	0.37.3+ds-9	286.2 kB	815.0 kB	[список файлів]