Pacote: kallisto (0.48.0+dfsg-4 e outros)

[ Fonte: kallisto  ]

near-optimal RNA-Seq quantification

Kallisto is a program for quantifying abundances of transcripts from RNA-Seq data, or more generally of target sequences using high-throughput sequencing reads. It is based on the novel idea of pseudoalignment for rapidly determining the compatibility of reads with targets, without the need for alignment. On benchmarks with standard RNA-Seq data, kallisto can quantify 30 million human reads in less than 3 minutes on a Mac desktop computer using only the read sequences and a transcriptome index that itself takes less than 10 minutes to build. Pseudoalignment of reads preserves the key information needed for quantification, and kallisto is therefore not only fast, but also as accurate than existing quantification tools. In fact, because the pseudoalignment procedure is robust to errors in the reads, in many benchmarks kallisto significantly outperforms existing tools.

Outros pacotes relacionados a kallisto

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, m68k, x32]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, s390x, x32]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libhts3 (>= 1.10) [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [não alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 11) [alpha, ia64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [não alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 6) [hppa, m68k, sh4, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de kallisto

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	0.48.0+dfsg-4	262.0 kB	918.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	0.48.0+dfsg-4+b1	279.7 kB	805.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	0.48.0+dfsg-4+b2	250.3 kB	789.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	0.46.2+dfsg-3	238.2 kB	676.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	0.48.0+dfsg-2	347.0 kB	1,520.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	0.46.2+dfsg-3	228.3 kB	656.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	0.48.0+dfsg-4+b3	239.4 kB	883.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	0.48.0+dfsg-4+b1	280.0 kB	981.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	0.48.0+dfsg-4+b1	284.1 kB	917.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	0.48.0+dfsg-4+b2	270.6 kB	625.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	0.48.0+dfsg-4+b1	280.6 kB	833.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	0.46.2+dfsg-3	282.5 kB	633.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	0.48.0+dfsg-4+b1	229.7 kB	1,050.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	0.46.2+dfsg-3	233.0 kB	644.0 kB	[lista de arquivos]