Paketti: pizzly (0.37.3+ds-9 ja muut)

[ Source: pizzly  ]

Identifies gene fusions in RNA sequencing data

For the interpretation of the transcriptome (the abundance and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly interested in transcripts that cannot be mapped to single genes but that are seen to be fused as parts from two genes. Likely eplanations are chromosomal translocations.

Pizzly can identify novel such peculiarities, building on interpretations on variable splicing by the tool kallisto. Both tools are elements of the bcbio workflow.

Muut pakettiin pizzly liittyvät paketit

• dep: kallisto

  near-optimal RNA-Seq quantification

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, arm64, ia64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libstdc++6 (>= 12) [amd64, hppa, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-12) [ia64, m68k, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-9) [alpha, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• rec: python3-h5py

  general-purpose Python interface to hdf5

Imuroi pizzly

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	0.37.3+ds-9	271.7 kt	1,059.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	0.37.3+ds-9	285.5 kt	864.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	0.37.3+ds-9+b1	262.0 kt	865.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	0.37.3+ds-9	268.7 kt	819.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	0.37.3+ds-9	342.3 kt	1,558.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	0.37.3+ds-9	258.3 kt	815.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	0.37.3+ds-9	246.3 kt	962.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	0.37.3+ds-9	280.6 kt	1,056.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	0.37.3+ds-9	285.1 kt	992.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	0.37.3+ds-9+b1	285.6 kt	725.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	0.37.3+ds-9	249.8 kt	876.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	0.37.3+ds-9	334.6 kt	864.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	0.37.3+ds-9	230.4 kt	1,062.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	0.37.3+ds-9	286.2 kt	815.0 kt	[tiedostoluettelo]