Pacote: canu (2.0+dfsg-2 e outros)

[ Fonte: canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Outros pacotes relacionados a canu

• dep: gnuplot

  programa de plotagem interativo e de linha de comando
  também um pacote virtual fornecido por gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não armel, armhf, i386, mipsel]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• sug: pbgenomicconsensus

  Pacote não disponível

Download de canu

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	2.0+dfsg-2+b1	1,182.4 kB	8,799.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	2.0+dfsg-2+b1	1,077.8 kB	9,886.0 kB	[lista de arquivos]
armel	2.0+dfsg-2+b1	1,027.4 kB	9,663.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	2.0+dfsg-2+b1	1,041.9 kB	7,955.0 kB	[lista de arquivos]
i386	2.0+dfsg-2+b1	1,317.8 kB	10,030.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	2.0+dfsg-2+b1	1,297.2 kB	12,589.0 kB	[lista de arquivos]
mipsel	2.0+dfsg-2+b1	1,351.8 kB	12,568.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	2.0+dfsg-2+b1	1,204.7 kB	12,855.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	2.0+dfsg-2+b1	1,073.5 kB	8,954.0 kB	[lista de arquivos]