Pacote: tophat (2.1.1+dfsg1-2 e outros)

[ Fonte: tophat  ]

fast splice junction mapper for RNA-Seq reads

TopHat aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons. TopHat is a collaborative effort between the University of Maryland Center for Bioinformatics and Computational Biology and the University of California, Berkeley Departments of Mathematics and Molecular and Cell Biology.

Outros pacotes relacionados a tophat

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

  ou bowtie

  Ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: libboost-system1.67.0

  biblioteca de sistema operacional (e.g. suporte a diagnósticos)

• dep: libboost-thread1.67.0

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.15) [amd64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: python

  linguagem interativa de alto nível orientada a objetos (versão Python2)

• dep: samtools (>= 1.5)

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Download de tophat

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	2.1.1+dfsg1-2+b1	654.2 kB	3,832.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	2.1.1+dfsg1-2+b1	591.7 kB	3,567.0 kB	[lista de arquivos]