Пакунок: tophat (2.1.1+dfsg1-2 and others)

[ Source: tophat  ]

fast splice junction mapper for RNA-Seq reads

TopHat aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons. TopHat is a collaborative effort between the University of Maryland Center for Bioinformatics and Computational Biology and the University of California, Berkeley Departments of Mathematics and Molecular and Cell Biology.

Інші пакунки пов'язані з tophat

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

  or bowtie

  Ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: libboost-system1.67.0

  Operating system (e.g. diagnostics support) library

• dep: libboost-thread1.67.0

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.15) [amd64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: python

  Інтерактивна об'єктно-орієнтована мова високого рівня (гілка 2.x)

• dep: samtools (>= 1.5)

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Завантажити tophat

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	2.1.1+dfsg1-2+b1	654.2 kB	3,832.0 kB	[список файлів]
arm64	2.1.1+dfsg1-2+b1	591.7 kB	3,567.0 kB	[список файлів]