[ buster ]
[ ソース: tophat ]
パッケージ: tophat (2.1.1+dfsg1-2 など)
tophat に関するリンク
Debian の資源:
tophat ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
- Debian Med Packaging Team (QA ページ, メールアーカイブ)
- Carlos Borroto (QA ページ)
- Alexandre Mestiashvili (QA ページ)
- Andreas Tille (QA ページ)
外部の資源:
- ホームページ [ccb.jhu.edu]
類似のパッケージ:
fast splice junction mapper for RNA-Seq reads
TopHat aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons. TopHat is a collaborative effort between the University of Maryland Center for Bioinformatics and Computational Biology and the University of California, Berkeley Departments of Mathematics and Molecular and Cell Biology.
その他の tophat 関連パッケージ
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- dep: libboost-system1.67.0
- Operating system (e.g. diagnostics support) library
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- dep: libboost-thread1.67.0
- portable C++ multi-threading
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- dep: libc6 (>= 2.15) [amd64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]
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- dep: libgcc1 (>= 1:3.0)
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: python
- 対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (Python2 バージョン)
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- dep: samtools (>= 1.5)
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
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- sug: cufflinks
- Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq