Paket: samtools (1.11-1)

[ Kaynak: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Etiketler: Alan: Biyoloji, Biyoinformatik, Geliştirildiği dil: implemented-in::c, interface::commandline, Ağ: İstemci, Ağ Protokolü: FTP, protocol::http, role::program, Kapsam: Yardımcı Araç, Arayüz Araç Takımı: Ncurses TUI, Amaç: use::analysing, use::calculating, Filtreleme, Şununla çalışır: Biyolojik Dizi

samtools ile İlgili Diğer Paketler

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C Library: Shared libraries
  ayrıca şunun tarafından sağlanan bir sanal paket libc6-udeb

• dep: libhts3 (>= 1.11)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  shared libraries for terminal handling

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  shared low-level terminfo library for terminal handling

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [armel, armhf, i386, mipsel değil]

  compression library - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386, mipsel]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

samtools indir

Tüm mevcut mimariler için indir

Mimari	Paket Boyutu	Kurulu Boyut	Dosyalar
amd64	531,8 kB	1.201,0 kB	[dosya listesi]
arm64	513,2 kB	1.149,0 kB	[dosya listesi]
armel	503,0 kB	1.134,0 kB	[dosya listesi]
armhf	507,0 kB	978,0 kB	[dosya listesi]
i386	562,3 kB	1.306,0 kB	[dosya listesi]
mips64el	518,2 kB	1.281,0 kB	[dosya listesi]
mipsel	525,7 kB	1.240,0 kB	[dosya listesi]
ppc64el	559,1 kB	1.669,0 kB	[dosya listesi]
s390x	512,5 kB	1.229,0 kB	[dosya listesi]