Package: samtools (1.11-1)

[ Source: samtools  ]

elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

Samtools è un insieme di utilità che manipolano allineamenti di sequenze di nucleotidi nel formato binario BAM. Importa ed esporta nei formati SAM (Sequence Alignment/Map - allineamento/mappa di sequenze) e CRAM ASCII, effettua ordinamenti, unioni e indicizzazioni e permette di rintracciare letture in qualsiasi regione in modo veloce. È stato progettato per funzionare su flussi di dati ed è in grado di aprire un file BAM o CRAM (non SAM) su un server FTP o HTTP remoto.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Other Packages Related to samtools

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libhts3 (>= 1.11)

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libncurses6 (>= 6)

  librerie condivise per la gestione del terminale

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  libreria condivisa di basso livello terminfo per la gestione del terminale

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not armel, armhf, i386, mipsel]

  libreria di compressione - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386, mipsel]

• sug: cwltool

  implementazione di riferimento di Common Workflow Language

Download samtools

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	531.8 kB	1,201.0 kB	[list of files]
arm64	513.2 kB	1,149.0 kB	[list of files]
armel	503.0 kB	1,134.0 kB	[list of files]
armhf	507.0 kB	978.0 kB	[list of files]
i386	562.3 kB	1,306.0 kB	[list of files]
mips64el	518.2 kB	1,281.0 kB	[list of files]
mipsel	525.7 kB	1,240.0 kB	[list of files]
ppc64el	559.1 kB	1,669.0 kB	[list of files]
s390x	512.5 kB	1,229.0 kB	[list of files]