Package: samtools (1.11-1)

[ Source: samtools  ]

Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

Samtools er et sæt af værktøjer, der manipulerer sammenligninger af nukleotidsekvenser i det binære BAM-format. Værktøjet importerer fra og eksporterer til ascii SAM-formatet (Sequence Alignment/Map) og CRAM-formater, udfører sortering, sammenlægning og indeksering, og gør det muligt at hente læsninger i alle områder hurtigt. Det er designet til at arbejde på en strøm, og er i stand til at åbne en BAM- eller CRAM-fil (ikke SAM) på en ekstern FTP- eller HTTP-server.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Other Packages Related to samtools

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libhts3 (>= 1.11)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libncurses6 (>= 6)

  delte biblioteker til terminalhåndtering

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  delt terminfo-bibliotek på lavt niveau for terminalhåndtering

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not armel, armhf, i386, mipsel]

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386, mipsel]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language - referenceimplementering

Download samtools

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	531.8 kB	1,201.0 kB	[list of files]
arm64	513.2 kB	1,149.0 kB	[list of files]
armel	503.0 kB	1,134.0 kB	[list of files]
armhf	507.0 kB	978.0 kB	[list of files]
i386	562.3 kB	1,306.0 kB	[list of files]
mips64el	518.2 kB	1,281.0 kB	[list of files]
mipsel	525.7 kB	1,240.0 kB	[list of files]
ppc64el	559.1 kB	1,669.0 kB	[list of files]
s390x	512.5 kB	1,229.0 kB	[list of files]