Pakiet: maffilter (1.3.1+dfsg-2 i inne)

[ Pakiet źródłowy: maffilter  ]

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

MafFilter applies a series of "filters" to a MAF file, in order to clean it, extract data and computer statistics while keeping track of the associated meta-data such as genome coordinates and quality scores.

 * It can process the alignment to remove low-quality / ambiguous /
   masked regions.
 * It can export data into a single or multiple alignment file in
   format such as Fasta or Clustal.
 * It can read annotation data in GFF or GTF format, and extract the
   corresponding alignment.
 * It can perform sliding windows calculations.
 * It can reconstruct phylogeny/genealogy along the genome alignment.
 * It can compute population genetics statistics, such as site
   frequency spectrum, number of fixed/polymorphic sites, etc.

Inne pakiety związane z maffilter

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  Biblioteka Boost.Iostreams

• dep: libbpp-core4 (>= 2.4.1)

  Bio++ Core library

• dep: libbpp-phyl-omics3 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetics library: genomics components

• dep: libbpp-phyl12 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetic library

• dep: libbpp-seq-omics3 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library: genomics components

• dep: libbpp-seq12 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library

• dep: libc6 (>= 2.1.3) [i386]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.2) [mips64el, mipsel, s390x]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [nie armel, armhf]

• sug: maffilter-examples

  process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)

Pobieranie maffilter

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1.3.1+dfsg-2+b1	255,5 KiB	1 321,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.3.1+dfsg-2+b1	235,9 KiB	1 281,0 KiB	[lista plików]
armel	1.3.1+dfsg-2+b1	218,3 KiB	1 148,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.3.1+dfsg-2+b1	223,5 KiB	1 020,0 KiB	[lista plików]
i386	1.3.1+dfsg-2+b1	262,6 KiB	1 300,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.3.1+dfsg-2+b1	220,0 KiB	1 456,0 KiB	[lista plików]
mipsel	1.3.1+dfsg-2+b1	222,4 KiB	1 385,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.3.1+dfsg-2+b1	254,2 KiB	1 433,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.3.1+dfsg-2+b1	234,7 KiB	1 333,0 KiB	[lista plików]