Pakiet: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7 i inne)

[ Pakiet źródłowy: lumpy-sv  ]

Ogólna platforma probabilistyczna do odkrywania wariantów strukturalnych

LUMPY, nowatorska platforma odkrywania SV, która w naturalny sposób integruje wiele sygnałów SV łącznie dla wielu próbek. LUMPY zapewnia lepszą czułość, zwłaszcza gdy sygnał SV jest zmniejszony z powodu albo niskiego pokrycia danych, albo niskiej częstotliwości wariantów alleli wewnątrz próbki.

Inne pakiety związane z lumpy-sv

• dep: bamkit

  Narzędzia do wykonywania typowych czynności z plikami BAM

• dep: libbamtools2.4.0 [sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [nie hppa, ppc64, sparc64]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, ppc64, sparc64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2) [hppa, sparc64]

  Łatwa w użyciu biblioteka klienta do transferu adresów URL (wersja OpenSSL)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhts3 (>= 1.10) [hppa, ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [nie hppa, ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0) [hppa, sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie hppa, ppc64, sparc64]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: python3-numpy

  Szybkie zarządzanie tablicami w języku Python (Python 3)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• dep: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [hppa, sparc64]

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: sambamba

  tools for working with SAM/BAM data

Pobieranie lumpy-sv

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	0.3.1+dfsg-7+b1	185,1 KiB	806,0 KiB	[lista plików]
amd64	0.3.1+dfsg-7+b1	205,3 KiB	689,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.3.1+dfsg-7+b1	168,9 KiB	677,0 KiB	[lista plików]
armel	0.3.1+dfsg-7+b1	162,2 KiB	567,0 KiB	[lista plików]
armhf	0.3.1+dfsg-7+b1	169,2 KiB	443,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	0.3.1+dfsg-1	192,6 KiB	673,0 KiB	[lista plików]
i386	0.3.1+dfsg-7+b1	221,6 KiB	735,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	0.3.1+dfsg-7+b1	238,6 KiB	1 187,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	0.3.1+dfsg-7+b1	184,6 KiB	627,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.3.1+dfsg-7+b1	175,8 KiB	777,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	0.3.1+dfsg-1	182,5 KiB	803,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.3.1+dfsg-7+b1	194,5 KiB	805,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0.3.1+dfsg-7+b2	189,7 KiB	537,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	0.3.1+dfsg-7+b1	222,3 KiB	676,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	0.3.1+dfsg-1	151,6 KiB	584,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	0.3.1+dfsg-7+b1	211,4 KiB	671,0 KiB	[lista plików]