Balík: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7 a iné)

[ Zdroj: lumpy-sv  ]

general probabilistic framework for structural variant discovery

LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom lumpy-sv

• dep: bamkit

  tools for common BAM file manipulations

• dep: libbamtools2.4.0 [sparc64]

  Balík nie je dostupný

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

  Balík nie je dostupný

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [nie hppa, ppc64, sparc64]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, ppc64, sparc64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2) [hppa, sparc64]

  jednoducho použiteľná klientská knižnica na prenos URL (OpenSSL)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, x32]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhts3 (>= 1.10) [hppa, ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [nie hppa, ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0) [hppa, sparc64]

  Balík nie je dostupný

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie hppa, ppc64, sparc64]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-numpy

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [hppa, sparc64]

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

• rec: sambamba

  tools for working with SAM/BAM data

Stiahnuť lumpy-sv

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	0.3.1+dfsg-7+b1	185.1 kB	806.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	0.3.1+dfsg-7+b1	205.3 kB	689.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	0.3.1+dfsg-7+b1	168.9 kB	677.0 kB	[zoznam súborov]
armel	0.3.1+dfsg-7+b1	162.2 kB	567.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	0.3.1+dfsg-7+b1	169.2 kB	443.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	0.3.1+dfsg-1	192.6 kB	673.0 kB	[zoznam súborov]
i386	0.3.1+dfsg-7+b1	221.6 kB	735.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	0.3.1+dfsg-7+b1	238.6 kB	1,187.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	0.3.1+dfsg-7+b1	184.6 kB	627.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	0.3.1+dfsg-7+b1	175.8 kB	777.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	0.3.1+dfsg-1	182.5 kB	803.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	0.3.1+dfsg-7+b1	194.5 kB	805.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	0.3.1+dfsg-7+b2	189.7 kB	537.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	0.3.1+dfsg-7+b1	222.3 kB	676.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	0.3.1+dfsg-1	151.6 kB	584.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	0.3.1+dfsg-7+b1	211.4 kB	671.0 kB	[zoznam súborov]