Package: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7 and others)

[ Source: lumpy-sv  ]

infrastruttura probabilistica generica per scoperta di varianti strutturali

LUMPY, un'innovativa infrastruttura per scoperta di SV che integra naturalmente segnali SV multipli unitamente attraverso campioni multipli. LUMPY produce sensibilità migliorata, specialmente quando il segnale SV è ridotto a causa della bassa copertura dei dati o della bassa frequenza di varianti di alleli nei campioni.

Other Packages Related to lumpy-sv

• dep: bamkit

  strumenti per comuni manipolazioni di file BAM

• dep: libbamtools2.4.0 [sparc64]

  Package not available

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

  Package not available

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [not hppa, ppc64, sparc64]

  libreria dinamica per manipolare file BAM (allineamento di genoma)

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, ppc64, sparc64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, armel, i386, m68k, mips64el, ppc64el, x32]

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, armhf, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2) [hppa, sparc64]

  libreria lato client facile da usare per il trasferimento di URL (versione OpenSSL)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, x32]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg) [not arm64, armhf, riscv64]

  fornisce le funzionalità della libreria C zlib in un iostream C++

  dep: libgzstream0 (>= 1.5+git20171107.9a20658) [arm64, armhf, riscv64]

• dep: libhts3 (>= 1.10) [hppa, ppc64, sparc64]

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [not hppa, ppc64, sparc64]

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0) [hppa, sparc64]

  Package not available

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not hppa, ppc64, sparc64]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-numpy

  libreria Python per calcoli numerici (Python 3)

• dep: python3-pysam

  interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)

• dep: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• dep: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [hppa, sparc64]

  libreria di compressione - runtime

• rec: sambamba

  strumenti per lavorare con dati SAM/BAM

Download lumpy-sv

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	0.3.1+dfsg-7+b1	185.1 kB	806.0 kB	[list of files]
amd64	0.3.1+dfsg-7+b1	205.3 kB	689.0 kB	[list of files]
arm64	0.3.1+dfsg-7+b2	171.9 kB	677.0 kB	[list of files]
armel	0.3.1+dfsg-7+b1	162.2 kB	567.0 kB	[list of files]
armhf	0.3.1+dfsg-7+b2	169.7 kB	547.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	0.3.1+dfsg-1	192.6 kB	673.0 kB	[list of files]
i386	0.3.1+dfsg-7+b1	221.6 kB	735.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	0.3.1+dfsg-7+b1	238.6 kB	1,187.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	0.3.1+dfsg-7+b1	172.1 kB	614.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	0.3.1+dfsg-7+b1	184.6 kB	627.0 kB	[list of files]
mips64el	0.3.1+dfsg-7+b1	175.8 kB	777.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	0.3.1+dfsg-1	182.5 kB	803.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.3.1+dfsg-7+b1	194.5 kB	805.0 kB	[list of files]
riscv64	0.3.1+dfsg-7+b3	190.8 kB	529.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	0.3.1+dfsg-7+b1	222.3 kB	676.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0.3.1+dfsg-1	151.6 kB	584.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	0.3.1+dfsg-7+b1	211.4 kB	671.0 kB	[list of files]