Pakiet: samblaster (0.1.26-4 i inne)

[ Pakiet źródłowy: samblaster  ]

marks duplicates, extracts discordant/split reads

Current "next-generation" sequencing technologies cannot tell what exact sequence they will be reading. They take what is available. And if some sequences are read very often, then this needs some extra biomedical thinking. The genome could for instance be duplicated.

samblaster is a fast and flexible program for marking duplicates in read-id grouped paired-end SAM files. It can also optionally output discordant read pairs and/or split read mappings to separate SAM files, and/or unmapped/clipped reads to a separate FASTQ file. When marking duplicates, samblaster will require approximately 20MB of memory per 1M read pairs.

Inne pakiety związane z samblaster

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, arm64, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.8) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [sparc64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

Pobieranie samblaster

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	0.1.26-4	24,8 KiB	86,0 KiB	[lista plików]
amd64	0.1.26-4	24,3 KiB	62,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.1.26-4+b1	23,6 KiB	87,0 KiB	[lista plików]
armel	0.1.26-4	22,8 KiB	85,0 KiB	[lista plików]
armhf	0.1.26-4	22,8 KiB	85,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	0.1.26-4	25,2 KiB	62,0 KiB	[lista plików]
i386	0.1.26-4	25,1 KiB	61,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	0.1.26-4	29,6 KiB	93,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	0.1.26-4	24,3 KiB	61,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.1.26-4	25,9 KiB	89,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	0.1.26-4	25,7 KiB	86,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.1.26-4	26,5 KiB	86,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0.1.26-4+b1	24,2 KiB	55,0 KiB	[lista plików]
s390x	0.1.26-4	22,6 KiB	57,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	0.1.26-4	26,9 KiB	85,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	0.1.26-4	23,2 KiB	1 047,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	0.1.26-4	24,3 KiB	57,0 KiB	[lista plików]