Pacote: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7 e outros)

[ Fonte: lumpy-sv  ]

general probabilistic framework for structural variant discovery

LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.

Outros pacotes relacionados a lumpy-sv

• dep: bamkit

  tools for common BAM file manipulations

• dep: libbamtools2.4.0 [sparc64]

  Pacote não disponível

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

  Pacote não disponível

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [não hppa, ppc64, sparc64]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, ppc64, sparc64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, armel, i386, m68k, mips64el, ppc64el, x32]

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, armhf, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2) [hppa, sparc64]

  biblioteca de transferência de URL do lado cliente de fácil uso (versão com OpenSSL)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, x32]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg) [não arm64, armhf, riscv64]

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

  dep: libgzstream0 (>= 1.5+git20171107.9a20658) [arm64, armhf, riscv64]

• dep: libhts3 (>= 1.10) [hppa, ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [não hppa, ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0) [hppa, sparc64]

  Pacote não disponível

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [não hppa, ppc64, sparc64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-numpy

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [hppa, sparc64]

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• rec: sambamba

  tools for working with SAM/BAM data

Download de lumpy-sv

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	0.3.1+dfsg-7+b1	185.1 kB	806.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	0.3.1+dfsg-7+b1	205.3 kB	689.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	0.3.1+dfsg-7+b2	171.9 kB	677.0 kB	[lista de arquivos]
armel	0.3.1+dfsg-7+b1	162.2 kB	567.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	0.3.1+dfsg-7+b2	169.7 kB	547.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	0.3.1+dfsg-1	192.6 kB	673.0 kB	[lista de arquivos]
i386	0.3.1+dfsg-7+b1	221.6 kB	735.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	0.3.1+dfsg-7+b1	238.6 kB	1,187.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	0.3.1+dfsg-7+b1	172.1 kB	614.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	0.3.1+dfsg-7+b1	184.6 kB	627.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	0.3.1+dfsg-7+b1	175.8 kB	777.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	0.3.1+dfsg-1	182.5 kB	803.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	0.3.1+dfsg-7+b1	194.5 kB	805.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	0.3.1+dfsg-7+b3	190.8 kB	529.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	0.3.1+dfsg-7+b1	222.3 kB	676.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	0.3.1+dfsg-1	151.6 kB	584.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	0.3.1+dfsg-7+b1	211.4 kB	671.0 kB	[lista de arquivos]