Pakiet: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7)

[ Pakiet źródłowy: lumpy-sv  ]

Ogólna platforma probabilistyczna do odkrywania wariantów strukturalnych

LUMPY, nowatorska platforma odkrywania SV, która w naturalny sposób integruje wiele sygnałów SV łącznie dla wielu próbek. LUMPY zapewnia lepszą czułość, zwłaszcza gdy sygnał SV jest zmniejszony z powodu albo niskiego pokrycia danych, albo niskiej częstotliwości wariantów alleli wewnątrz próbki.

Inne pakiety związane z lumpy-sv

• dep: bamkit

  Narzędzia do wykonywania typowych czynności z plikami BAM

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python 3 language

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• dep: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• rec: sambamba

  tools for working with SAM/BAM data

Pobieranie lumpy-sv

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	190,7 KiB	656,0 KiB	[lista plików]
arm64	167,2 KiB	676,0 KiB	[lista plików]
armel	160,7 KiB	674,0 KiB	[lista plików]
armhf	166,9 KiB	546,0 KiB	[lista plików]
i386	209,3 KiB	706,0 KiB	[lista plików]
mips64el	174,2 KiB	777,0 KiB	[lista plików]
mipsel	182,5 KiB	767,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	191,6 KiB	804,0 KiB	[lista plików]