Пакунок: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7 and others)

[ Source: lumpy-sv  ]

general probabilistic framework for structural variant discovery

LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.

Інші пакунки пов'язані з lumpy-sv

• dep: bamkit

  tools for common BAM file manipulations

• dep: libbamtools2.4.0 [sparc64]

  Пакунок недоступний

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

  Пакунок недоступний

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [not hppa, ppc64, sparc64]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, ppc64, sparc64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2) [hppa, sparc64]

  Легка у використанні клієнтська бібліотека передачі URL (різновид OpenSSL)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, x32]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhts3 (>= 1.10) [hppa, ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [not hppa, ppc64, sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0) [hppa, sparc64]

  Пакунок недоступний

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not hppa, ppc64, sparc64]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [hppa, sparc64]

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

• rec: sambamba

  tools for working with SAM/BAM data

Завантажити lumpy-sv

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	0.3.1+dfsg-7+b1	185.1 kB	806.0 kB	[список файлів]
amd64	0.3.1+dfsg-7+b1	205.3 kB	689.0 kB	[список файлів]
arm64	0.3.1+dfsg-7+b1	168.9 kB	677.0 kB	[список файлів]
armel	0.3.1+dfsg-7+b1	162.2 kB	567.0 kB	[список файлів]
armhf	0.3.1+dfsg-7+b1	169.2 kB	443.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	0.3.1+dfsg-1	192.6 kB	673.0 kB	[список файлів]
i386	0.3.1+dfsg-7+b1	221.6 kB	735.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	0.3.1+dfsg-7+b1	238.6 kB	1,187.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	0.3.1+dfsg-7+b1	184.6 kB	627.0 kB	[список файлів]
mips64el	0.3.1+dfsg-7+b1	175.8 kB	777.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	0.3.1+dfsg-1	182.5 kB	803.0 kB	[список файлів]
ppc64el	0.3.1+dfsg-7+b1	194.5 kB	805.0 kB	[список файлів]
riscv64	0.3.1+dfsg-7+b2	189.7 kB	537.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	0.3.1+dfsg-7+b1	222.3 kB	676.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	0.3.1+dfsg-1	151.6 kB	584.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	0.3.1+dfsg-7+b1	211.4 kB	671.0 kB	[список файлів]