Paquet : fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-1 et autres)
Liens pour fasta3
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source fasta3 :
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020-1.dsc]
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020.orig.tar.gz]
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020-1.debian.tar.xz]
Responsables :
Ressources externes :
- Page d'accueil [fasta.bioch.virginia.edu]
Paquets similaires :
tools for searching collections of biological sequences
The FASTA programs find regions of local or global similarity between Protein or DNA sequences, either by searching Protein or DNA databases, or by identifying local duplications within a sequence. Other programs provide information on the statistical significance of an alignment. Like BLAST, FASTA can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families.
* Protein - Protein-protein FASTA - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch) - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch) - Global/Local protein-protein (glsearch) - Protein-protein with unordered peptides (fasts) - Protein-protein with mixed peptide sequences (fastf)
* Nucleotide - Nucleotide-Nucleotide (DNA/RNA fasta) - Ordered Nucleotides vs Nucleotide (fastm) - Un-ordered Nucleotides vs Nucleotide (fasts)
* Translated - Translated DNA (with frameshifts, e.g. ESTs) vs Proteins (fastx/fasty) - Protein vs Translated DNA (with frameshifts) (tfastx/tfasty) - Peptides vs Translated DNA (tfasts)
* Statistical Significance - Protein vs Protein shuffle (prss) - DNA vs DNA shuffle (prss) - Translated DNA vs Protein shuffle (prfx)
* Local Duplications - Local Protein alignments (lalign) - Plot Protein alignment "dot-plot" (plalign) - Local DNA alignments (lalign) - Plot DNA alignment "dot-plot" (plalign)
This software is often used via a web service at the EBI with readily indexed reference databases at http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.
Autres paquets associés à fasta3
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- dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, sh4]
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
-
- dep: python3
- langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
-
- rec: r-base-core
- noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques
-
- sug: bedtools
- suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes
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- sug: libdbd-mysql-perl
- interface Perl5 pour les bases de données MariaDB ou MySQL
-
- sug: libdbi-perl
- interface base de données en Perl (DBI)
-
- sug: libhtml-tableextract-perl
- module for extracting the content contained in HTML tables
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- sug: libjson-perl
- module for manipulating JSON-formatted data
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- sug: liburi-encode-perl
- Perl module to encode and decode strings to URIs
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- sug: libwww-perl
- interface simple et cohérente au world-wide web
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- sug: libxml-twig-perl
- Perl module for processing huge XML documents in tree mode
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- sug: ncbi-blast+
- suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération
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- sug: perl
- langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall
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- sug: python3-mysqldb
- interface de Python pour MySQL
Télécharger fasta3
Architecture | Version | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
---|---|---|---|---|
alpha (portage non officiel) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 907,4 ko | 7 534,0 ko | [liste des fichiers] |
amd64 | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 902,2 ko | 6 970,0 ko | [liste des fichiers] |
arm64 | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 805,2 ko | 6 702,0 ko | [liste des fichiers] |
armel | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 807,9 ko | 6 924,0 ko | [liste des fichiers] |
armhf | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 771,9 ko | 5 324,0 ko | [liste des fichiers] |
hppa (portage non officiel) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 864,1 ko | 6 245,0 ko | [liste des fichiers] |
i386 | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 853,3 ko | 6 924,0 ko | [liste des fichiers] |
ia64 (portage non officiel) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 1 075,0 ko | 11 899,0 ko | [liste des fichiers] |
m68k (portage non officiel) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 755,2 ko | 5 887,0 ko | [liste des fichiers] |
mips64el | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 809,3 ko | 6 742,0 ko | [liste des fichiers] |
ppc64 (portage non officiel) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 872,1 ko | 7 875,0 ko | [liste des fichiers] |
ppc64el | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 884,6 ko | 8 238,0 ko | [liste des fichiers] |
riscv64 | 36.3.8i.14-Nov-2020-1+b1 | 1 005,6 ko | 5 915,0 ko | [liste des fichiers] |
s390x | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 826,1 ko | 6 836,0 ko | [liste des fichiers] |
sh4 (portage non officiel) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 929,0 ko | 6 336,0 ko | [liste des fichiers] |
sparc64 (portage non officiel) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 895,1 ko | 18 263,0 ko | [liste des fichiers] |
x32 (portage non officiel) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 884,2 ko | 6 748,0 ko | [liste des fichiers] |