Paket: fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-1 und andere)
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Debian-Ressourcen:
Quellcode-Paket fasta3 herunterladen:
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020-1.dsc]
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020.orig.tar.gz]
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020-1.debian.tar.xz]
Betreuer:
Externe Ressourcen:
- Homepage [fasta.bioch.virginia.edu]
Ähnliche Pakete:
tools for searching collections of biological sequences
The FASTA programs find regions of local or global similarity between Protein or DNA sequences, either by searching Protein or DNA databases, or by identifying local duplications within a sequence. Other programs provide information on the statistical significance of an alignment. Like BLAST, FASTA can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families.
* Protein - Protein-protein FASTA - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch) - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch) - Global/Local protein-protein (glsearch) - Protein-protein with unordered peptides (fasts) - Protein-protein with mixed peptide sequences (fastf)
* Nucleotide - Nucleotide-Nucleotide (DNA/RNA fasta) - Ordered Nucleotides vs Nucleotide (fastm) - Un-ordered Nucleotides vs Nucleotide (fasts)
* Translated - Translated DNA (with frameshifts, e.g. ESTs) vs Proteins (fastx/fasty) - Protein vs Translated DNA (with frameshifts) (tfastx/tfasty) - Peptides vs Translated DNA (tfasts)
* Statistical Significance - Protein vs Protein shuffle (prss) - DNA vs DNA shuffle (prss) - Translated DNA vs Protein shuffle (prfx)
* Local Duplications - Local Protein alignments (lalign) - Plot Protein alignment "dot-plot" (plalign) - Local DNA alignments (lalign) - Plot DNA alignment "dot-plot" (plalign)
This software is often used via a web service at the EBI with readily indexed reference databases at http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.
Andere Pakete mit Bezug zu fasta3
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- dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, sh4]
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]
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- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- rec: r-base-core
- GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern
-
- sug: bedtools
- Hilfswerkzeugsammlung zum Vergleich genomischer Merkmale
-
- sug: libdbd-mysql-perl
- Perl5-Datenbankschnittstelle zur Datenbank MariaDB/MySQL
-
- sug: libdbi-perl
- Perl Database Interface (DBI)
-
- sug: libhtml-tableextract-perl
- Modul zum Entnehmen der Inhalte von HTML-Tabellen
-
- sug: libjson-perl
- Modul für die Handhabung von Daten im JSON-Format
-
- sug: liburi-encode-perl
- Perl module to encode and decode strings to URIs
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- sug: libwww-perl
- Einfache und konsistente Schnittstelle zum World Wide Web
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- sug: libxml-twig-perl
- Perl-Modul für baumartigen Zugriff auf XML-Dateien
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- sug: ncbi-blast+
- next generation suite of BLAST sequence search tools
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- sug: perl
- Larry Wall's Practical Extraction und Report Language
-
- sug: python3-mysqldb
- Python-Schnittstelle zu MySQL
fasta3 herunterladen
Architektur | Version | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
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alpha (inoffizielle Portierung) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 907,4 kB | 7.534,0 kB | [Liste der Dateien] |
amd64 | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 902,2 kB | 6.970,0 kB | [Liste der Dateien] |
arm64 | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 805,2 kB | 6.702,0 kB | [Liste der Dateien] |
armel | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 807,9 kB | 6.924,0 kB | [Liste der Dateien] |
armhf | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 771,9 kB | 5.324,0 kB | [Liste der Dateien] |
hppa (inoffizielle Portierung) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 864,1 kB | 6.245,0 kB | [Liste der Dateien] |
i386 | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 853,3 kB | 6.924,0 kB | [Liste der Dateien] |
ia64 (inoffizielle Portierung) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 1.075,0 kB | 11.899,0 kB | [Liste der Dateien] |
m68k (inoffizielle Portierung) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 755,2 kB | 5.887,0 kB | [Liste der Dateien] |
mips64el | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 809,3 kB | 6.742,0 kB | [Liste der Dateien] |
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ppc64el | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 884,6 kB | 8.238,0 kB | [Liste der Dateien] |
riscv64 | 36.3.8i.14-Nov-2020-1+b1 | 1.005,6 kB | 5.915,0 kB | [Liste der Dateien] |
s390x | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 826,1 kB | 6.836,0 kB | [Liste der Dateien] |
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sparc64 (inoffizielle Portierung) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 895,1 kB | 18.263,0 kB | [Liste der Dateien] |
x32 (inoffizielle Portierung) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 884,2 kB | 6.748,0 kB | [Liste der Dateien] |