Balík: fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-1 a iné)
Odkazy pre fasta3
Zdroje Debian:
Stiahnuť zdrojový balík fasta3:
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020-1.dsc]
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020.orig.tar.gz]
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020-1.debian.tar.xz]
Správcovia:
Externé zdroje:
- Domovská stránka [fasta.bioch.virginia.edu]
Podobné balíky:
tools for searching collections of biological sequences
The FASTA programs find regions of local or global similarity between Protein or DNA sequences, either by searching Protein or DNA databases, or by identifying local duplications within a sequence. Other programs provide information on the statistical significance of an alignment. Like BLAST, FASTA can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families.
* Protein - Protein-protein FASTA - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch) - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch) - Global/Local protein-protein (glsearch) - Protein-protein with unordered peptides (fasts) - Protein-protein with mixed peptide sequences (fastf)
* Nucleotide - Nucleotide-Nucleotide (DNA/RNA fasta) - Ordered Nucleotides vs Nucleotide (fastm) - Un-ordered Nucleotides vs Nucleotide (fasts)
* Translated - Translated DNA (with frameshifts, e.g. ESTs) vs Proteins (fastx/fasty) - Protein vs Translated DNA (with frameshifts) (tfastx/tfasty) - Peptides vs Translated DNA (tfasts)
* Statistical Significance - Protein vs Protein shuffle (prss) - DNA vs DNA shuffle (prss) - Translated DNA vs Protein shuffle (prfx)
* Local Duplications - Local Protein alignments (lalign) - Plot Protein alignment "dot-plot" (plalign) - Local DNA alignments (lalign) - Plot DNA alignment "dot-plot" (plalign)
This software is often used via a web service at the EBI with readily indexed reference databases at http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.
Ostatné balíky súvisiace s balíkom fasta3
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]
- knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- rec: r-base-core
- jadro GNU R na štatistické výpočty a grafický systém
-
- sug: bedtools
- suite of utilities for comparing genomic features
-
- sug: libdbd-mysql-perl
- rozhranie databáz MariaDB/MySQL pre jazyk Perl 5
-
- sug: libdbi-perl
- rozhranie k databáze Perl (DBI)
-
- sug: libhtml-tableextract-perl
- modul na extrakciu obsahu tabuliek HTML
-
- sug: libjson-perl
- modul na prácu s údajmi vo formáte JSON
-
- sug: liburi-encode-perl
- modul jazyka Perl na kódovanie a dekódovanie reťazcov do URI
-
- sug: libwww-perl
- jednoduché a konzistentné rozhranie k www
-
- sug: libxml-twig-perl
- Perl module for processing huge XML documents in tree mode
-
- sug: ncbi-blast+
- next generation suite of BLAST sequence search tools
-
- sug: perl
- Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla
-
- sug: python3-mysqldb
- rozhranie jazyka Python k MySQL
Stiahnuť fasta3
Architektúra | Verzia | Veľkosť balíka | Nainštalovaná veľkosť | Súbory |
---|---|---|---|---|
alpha (neoficiálny port) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 907.4 kB | 7,534.0 kB | [zoznam súborov] |
amd64 | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 902.2 kB | 6,970.0 kB | [zoznam súborov] |
arm64 | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 805.2 kB | 6,702.0 kB | [zoznam súborov] |
armel | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 807.9 kB | 6,924.0 kB | [zoznam súborov] |
armhf | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 771.9 kB | 5,324.0 kB | [zoznam súborov] |
hppa (neoficiálny port) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 864.1 kB | 6,245.0 kB | [zoznam súborov] |
i386 | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 853.3 kB | 6,924.0 kB | [zoznam súborov] |
ia64 (neoficiálny port) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 1,075.0 kB | 11,899.0 kB | [zoznam súborov] |
m68k (neoficiálny port) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 755.2 kB | 5,887.0 kB | [zoznam súborov] |
mips64el | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 809.3 kB | 6,742.0 kB | [zoznam súborov] |
ppc64 (neoficiálny port) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 872.1 kB | 7,875.0 kB | [zoznam súborov] |
ppc64el | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 884.6 kB | 8,238.0 kB | [zoznam súborov] |
riscv64 | 36.3.8i.14-Nov-2020-1+b1 | 1,005.6 kB | 5,915.0 kB | [zoznam súborov] |
s390x | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 826.1 kB | 6,836.0 kB | [zoznam súborov] |
sh4 (neoficiálny port) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 929.0 kB | 6,336.0 kB | [zoznam súborov] |
sparc64 (neoficiálny port) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 895.1 kB | 18,263.0 kB | [zoznam súborov] |
x32 (neoficiálny port) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 884.2 kB | 6,748.0 kB | [zoznam súborov] |